脚本从R运行，但不通过命令行运行

Question

我有一个R脚本，可以在R和R Studio中完美运行。 它包括使用RODBC程序包，在该程序包中，我正在连接到Oracle数据库以获取一些数据。

我在R Studio内完美地编写了整个程序。 通过键入以下命令，我也可以直接从R控制台直接运行它：

source("C:/Users/yadda.yadda/script.R")

这意味着它可以获取我所有的连接信息并通过RODBC连接到Oracle，而无需我提供任何帮助。

我想做的下一步是将其设置为以预定的时间间隔定期运行。 为此，我编写了一个包含内容的小蝙蝠文件：

C:\R\R-2.15.2\bin\Rscript.exe "C:\Users\yadda.yadda\script.R"
PAUSE

当我运行bat文件时，它会从脚本中打印出初始的“ print”语句，但会失败，并显示“第一个参数不是打开的RODBC通道”。 完整的输出如下：

C:\Users\yadda.yadda\schedule>C:\R\R-2.15.2\bin\Rscript.exe "C:\Users\yadda.yadda\script.R"
[1]
Housekeeping
Loading required files
Loading the function
Calling the function...
Loading required package: RODBC
Error in sqlQuery(channelMflib, the.SQL) :
first argument is not an open RODBC channel
Calls: get.all.areas -> oceans.get.data -> sqlQuery
Execution halted

C:\Users\yadda.yadda\schedule>PAUSE
Press any key to continue . . .

我一直在努力搜寻，无法弄清楚。 我能够运行不包含RODBC连接的更简单的R脚本，因此我知道bat文件的语法很好。

如果无法解决问题，我将考虑使用ROracle（而不是RODBC）进行尝试，但是由于周围没有其他人使用ROracle，因此与我的同事几乎没有那么灵活/可互换。

感谢您的见解！ 麦克风

编辑

nograpes要求提供准系统版本的script.R。 我已经创建了一个，但是这样做可能会产生更多信息。

script.R是：

print("starting")
require(RODBC)
print("loaded RODBC")
channel<-odbcConnect(thedsn,username,password) 
the.SQL <-paste("SELECT * from dual;",sep="")
df<-sqlQuery(channel,the.SQL)
print("done, data to follow")
print(df)

使用上面的输出是：

[1] "starting"
Loading required package: RODBC
Warning message:
package 'RODBC' was built under R version 2.15.3
[1] "loaded RODBC"
Warning messages:
1: In odbcDriverConnect("DSN=thedsn;UID=username;PWD=password") :
[RODBC] ERROR: state IM014, code 0, message [Microsoft][ODBC Driver Manager] The specified DSN contains an architecture mismatch between the Driver and Application
2: In odbcDriverConnect("DSN=thedsn;UID=username;PWD=password") :
ODBC connection failed
Error in sqlQuery(channel, the.SQL) :
first argument is not an open RODBC channel
Execution halted

显然，我已经更改了用户名和密码，但是我知道我使用的用户名和密码，并且能够让脚本打印出正在使用的内容并确认它们正常。

我之前从未见过“架构不匹配”，因此我也将在Google上进行搜索。 作为记录，我一直在使用64位R-我想知道是否可以强迫它使用32位以查看是否有区别， 我想我一直在使用32位R，所以我看看是否可以强制它使用64位-我似乎记得读过，不匹配错误与RODBC的32/64位使用有关。 我也会用Google搜寻。 谢谢阅读。

Answer 1

好的-我知道了-我修改了批处理文件以强制其使用64位R，并且可以正常工作。

代替

C:\R\R-2.15.2\bin\Rscript.exe

我用了：

C:\R\R-2.15.2\bin\x64\Rscript.exe

而且有效。

感谢您的提示，这给了我更多信息。

Answer 2

真高兴你做到了。 对于因有类似问题而阅读此消息的人们，要记住的一件事可能是在使用rm（）命令进行测试运行之前清除变量，

rm(list=ls())
source("script.R")