[英]qsub and python, imports .py modules but returns ImportError for .pyf
我试图通过qsub myScript.sh -cwd
提交作业,其中shell脚本运行Python-2.7脚本myPython.py
。
# myScript.sh
python2.7 myPython.py
现在, myPython.py
需要导入存储在本地目录中的Python包,因此脚本以
# myPython.py
import sys
sys.path.append('/file/path/for/package')
import package
提交作业后,日志文件包含Python的以下输出:
ImportError: No module named problem_c
从*.py
文件导入了几个模块而没有返回错误之后,就会发生此错误,因此,我可以肯定这不是路径问题。 我发现的唯一区别是problem_c
文件以.pyf
(即problem_c.pyf
)。 它与以.py
结尾的模块存储在同一目录中。
当我在本地运行脚本(如python2.7 myPython.py
时,在加载程序包时不会发生此错误。 但是,该作业占用大量内存,因此无法将其提交到队列中。 为什么当我使用qsub
,以.pyf
文件形式编写的模块会受到不同对待,在这种情况下如何导入它们?
(如果很重要,我正在使用的群集是使用Sun Grid Engine设置的。)
感谢您的想法。
或f2py。 显然您没有在集群上添加模块。
这是导入路径及其模块的方法:
import imp
module_name = imp.load_source('module_name', '/abs/path/to/module/module_name.py')
# usage
module_name.function()
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