R - 从大型栅格中有效创建数据帧，不包括NA值

Question

在GIS堆栈中交叉发布类似内容的道歉。

我正在寻找一种更有效的方法来创建基于R中的大型光栅的频率表。

目前，我有几十个栅格，每个栅格约1.5亿个，我需要为每个栅格创建频率表。 这些栅格源自屏蔽具有几百个小采样位置的基础栅格*。 因此，我创建表格的栅格包含~99％NA值。

我目前的工作方法是：

    sampling_site_raster <- raster("FILE")
    base_raster <- raster("FILE")

    sample_raster <- mask(base_raster, sampling_site_raster)

    DF <- as.data.frame(freq(sample_raster, useNA='no', progress='text'))

    ### run time for the freq() process ###
    user  system elapsed 
    162.60    4.85  168.40

这使用来自R的栅格包中的freq()函数usaNA=no标志将转储NA值。

我的问题是：

1）有没有一种更有效的方法从99％NA值的大型栅格创建频率表？ 或者2）从基础栅格中导出值比使用mask()更有效吗？ （在ArcGIS中使用Mask GP功能非常快，但仍然具有NA值，这是一个额外的步骤

*附加信息： sampling_site_raster表示的样本区域是在研究区域内随机分布的各种大小的不规则形状。 在sampling_site_raster ，采样点被编码为1 ，非采样区域被编码为NA 。

谢谢！

Answer 1

如果您通过栅格屏蔽栅格，您将始终获得另一个巨大的栅格。 我不认为这是一种让事情变得更快的方法。

我要做的是尝试使用extract通过多边形图层进行遮罩：

res <- extract(raster, polygons)

然后，您将获得每个多边形的所有单元格值，并可以对它们运行freq 。