如何在R中的热图中打印比例

Question

尝试在R中创建热图时，如http://davetang.org/muse/2010/12/06/making-a-heatmap-with-r/中所述

data <- read.table("test.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1)
data_matrix <- data.matrix(data)
install.packages("RColorBrewer")
library("RColorBrewer")
heatmap(data_matrix,Colv=NA,col=brewer.pal(9,"Blues"))

如何获得热图旁边的颜色比例，该热图显示与使用的颜色阴影对应的值范围（较小的值对应于浅色阴影，较高的值对应于深色阴影），类似于创建连续热图中的第一个热图[R

Answer 1

我只是从ggplot2 docs网站复制/修改以下示例代码：

> library(ggplot2)
> library(reshape2) # for melt
> M=melt(volcano)
> head(M)
  Var1 Var2 value
1    1    1   100
2    2    1   101
3    3    1   102
4    4    1   103
5    5    1   104
6    6    1   105

> ggplot(M, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + geom_tile()

geom_tile是这里的重要位。 您可以通过添加例如以下内容来选择自己的颜色

+ scale_fill_gradient(low="green", high="red")