scipy中具有大F阶矩阵的dgemm segfaulting

Question

我正在尝试使用SciPy的dgemm在Python中计算A * AT，但是当A具有较大的行维（〜50,000）并且我以F顺序传递矩阵时，会遇到段错误。 当然，产生的矩阵非常大，但是在C阶工作中sgemm和传递给dgemm，

>>> import numpy as np
>>> import scipy.linalg.blas
>>> A = np.ones((50000,100))
#sgemm works, A.T is in F-order
>>> C = scipy.linalg.blas.sgemm(alpha=1.0, a=A.T, b=A.T, trans_a=True);
#dgemm works, A is in C-order (slower)
>>> C = scipy.linalg.blas.dgemm(alpha=1.0, a=A, b=A, trans_b=True); 
#dgemm segfaults when both are in F order
>>> C = scipy.linalg.blas.dgemm(alpha=1.0, a=A.T, b=A.T, trans_a=True);
Segmentation fault (core dumped)

有没有人经历过这个错误，或者是什么原因导致的？ 我正在使用Python 2.7.3，numpy 1.8.0和scipy 0.13.2。

编辑：FWIW，这是产生错误的唯一顺序。

>>> C = scipy.linalg.blas.dgemm(alpha=1.0, a=A.T, b=A, trans_a=True, trans_b=True)
>>> C = scipy.linalg.blas.dgemm(alpha=1.0, a=A, b=A.T)

以上两种都成功。

编辑：BLAS信息

blas_opt_info:
libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
library_dirs = ['/usr/lib/atlas-base']
define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
language = c
include_dirs = ['/usr/include/atlas']

Answer 1

调用Fortran时，不允许为别名自变量。 我不确定这是否是您的问题，但可能是。

前两个BLAS调用不为参数加上别名，因为临时数组是在调用fortran之前创建的。 也就是说，分别由于dtype不匹配和C顺序。

第三个BLAS调用将参数作为别名。 尝试使用b = A.copy（）。T代替。