重新排列热图中的列，保留拓扑

Question

我在R中生成了以下热图

使用以下代码。

heatmap(data.matrix(data), col=colorRampPalette(c("yellow", "blue"))(64), labRow=NA, Rowv=NA)

我想以不同的列顺序绘制热图。 此列顺序保持了树状图的拓扑，因此我也想继续绘制树状图。 heatmap功能的R帮助提到了行和列的重新排序，我尝试提供所需的列顺序作为heatmap的Colv参数的向量，但这是行不通的。 有什么建议么？

Answer 1

Colv的参数需要是传递给reorder.dendrogram函数的排序。 它不会产生任意顺序，但会由于列树状图结构而施加约束。 这将产生不同的顺序。

nc <- dim(data.matrix(data)}[2]
heatmap(data.matrix(data), Colv = sample(1:nc),
        col=colorRampPalette(c("yellow", "blue"))(64), 
        labRow=NA, Rowv=NA)