heatmap.2指定行顺序还是防止重新排序？

Question

我正在尝试使用heatmap.2生成一些对数转换的折叠变化数据图（下面的代码）。

我想按照最后一列中的值（从大到小）对热图中的行进行排序。 这些行是自动排序的（我不确定在引擎盖下使用的精确计算）并且如图所示，正在执行一些聚类。

样本数据

gid     2hrs    4hrs    6hrs    8hrs
1234    0.5     0.75    0.9     2
2234    0       0       1.5     2
3234    -0.5    0.1     1       3
4234    -0.2    -0.2    0.4     2
5234    -0.5    1.2     1      -0.5
6234    -0.5    1.3     2      -0.3
7234    1       1.2    0.5      2
8234    -1.3    -0.2    2       1.2
9234    0.2     0.2     0.2     1
0123    0.2     0.2     3       0.5

码

data <- read.csv(infile, sep='\t',comment.char="#")
rnames <- data[,1]                 # assign labels in column 1 to "rnames"
mat_data <- data.matrix(data[,2:ncol(data)])  # transform columns into a matrix
rownames(mat_data) <- rnames                  # assign row names

# custom palette
my_palette <- colorRampPalette(c("turquoise", "yellow", "red"))(n = 299)
# (optional) defines the color breaks manually for a "skewed" color transition
col_breaks = c(seq(-4,-1,length=100),  # for red
seq(-1,1,length=100),              # for yellow
seq(1,4,length=100))              # for green

# plot data
heatmap.2(mat_data,
density.info="none",  # turns off density plot inside color legend
trace="none",         # turns off trace lines inside the heat map
margins =c(12,9),     # widens margins around plot
col=my_palette,       # use on color palette defined earlier
breaks=col_breaks,    # enable color transition at specified limits
dendrogram='none',     # only draw a row dendrogram
Colv=FALSE)            # turn off column clustering

情节

我想知道是否有人可以建议如何关闭重新排序，以便我可以通过最后一列重新排序我的矩阵并强制使用此顺序，或者另外修改heatmap.2函数来执行此操作。

Answer 1

您没有指定Rowv=FALSE ，默认情况下会重新排序行（在heatmap.2帮助中，对于参数Rowv ：

确定是否以及如何重新排序行树形图。 默认情况下，它为TRUE，这意味着树形图是基于行平均值计算和重新排序的。 如果为NULL或FALSE，则不计算树形图并且不进行重新排序。

因此，如果您希望根据最后一列排序行，您可以执行以下操作：

mat_data<-mat_data[order(mat_data[,ncol(mat_data)],decreasing=T),]

然后

heatmap.2(mat_data,
density.info="none",  
trace="none",         
margins =c(12,9),    
col=my_palette,       
breaks=col_breaks,   
dendrogram='none',     
Rowv=FALSE,
Colv=FALSE)     

您将看到以下图像：