[英]heatmap.2 specify row order OR prevent reorder?
我正在嘗試使用heatmap.2生成一些對數轉換的折疊變化數據圖(下面的代碼)。
我想按照最后一列中的值(從大到小)對熱圖中的行進行排序。 這些行是自動排序的(我不確定在引擎蓋下使用的精確計算)並且如圖所示,正在執行一些聚類。
樣本數據
gid 2hrs 4hrs 6hrs 8hrs
1234 0.5 0.75 0.9 2
2234 0 0 1.5 2
3234 -0.5 0.1 1 3
4234 -0.2 -0.2 0.4 2
5234 -0.5 1.2 1 -0.5
6234 -0.5 1.3 2 -0.3
7234 1 1.2 0.5 2
8234 -1.3 -0.2 2 1.2
9234 0.2 0.2 0.2 1
0123 0.2 0.2 3 0.5
碼
data <- read.csv(infile, sep='\t',comment.char="#")
rnames <- data[,1] # assign labels in column 1 to "rnames"
mat_data <- data.matrix(data[,2:ncol(data)]) # transform columns into a matrix
rownames(mat_data) <- rnames # assign row names
# custom palette
my_palette <- colorRampPalette(c("turquoise", "yellow", "red"))(n = 299)
# (optional) defines the color breaks manually for a "skewed" color transition
col_breaks = c(seq(-4,-1,length=100), # for red
seq(-1,1,length=100), # for yellow
seq(1,4,length=100)) # for green
# plot data
heatmap.2(mat_data,
density.info="none", # turns off density plot inside color legend
trace="none", # turns off trace lines inside the heat map
margins =c(12,9), # widens margins around plot
col=my_palette, # use on color palette defined earlier
breaks=col_breaks, # enable color transition at specified limits
dendrogram='none', # only draw a row dendrogram
Colv=FALSE) # turn off column clustering
情節
我想知道是否有人可以建議如何關閉重新排序,以便我可以通過最后一列重新排序我的矩陣並強制使用此順序,或者另外修改heatmap.2函數來執行此操作。
您沒有指定Rowv=FALSE
,默認情況下會重新排序行(在heatmap.2
幫助中,對於參數Rowv
:
確定是否以及如何重新排序行樹形圖。 默認情況下,它為TRUE,這意味着樹形圖是基於行平均值計算和重新排序的。 如果為NULL或FALSE,則不計算樹形圖並且不進行重新排序。
因此,如果您希望根據最后一列排序行,您可以執行以下操作:
mat_data<-mat_data[order(mat_data[,ncol(mat_data)],decreasing=T),]
然后
heatmap.2(mat_data,
density.info="none",
trace="none",
margins =c(12,9),
col=my_palette,
breaks=col_breaks,
dendrogram='none',
Rowv=FALSE,
Colv=FALSE)
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