在 heatmap.2 中將行標簽設為斜體

Question

我正在嘗試使用 R 函數heatmap.2將我的行標簽heatmap.2斜體。 沒有默認選項，例如我無法通過設置par(font=3)找出解決方法。 如何在heatmap.2行標簽設置為斜體？

set.seed(123)
data = matrix(sample(100), nrow=10, ncol=10)
rownames(data) = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J")

library(gplots)

heatmap.2(data,
           Colv=TRUE,
           Rowv=TRUE,
           xlab=NA,
           ylab=NA)

Answer 1

您可以使用labCol和labRow參數給heatmap.2傳遞標簽。 我們只需要弄清楚如何將這些作為plotmath表達式列表plotmath 。 我總是覺得這很痛苦，因為我經常這樣做，無法記住適當的咒語，但能夠通過調整此 R-help answer將代碼放在一起。 請注意，矩陣需要有列名，我在下面的代碼中添加了它

library(gplots)

# Fake data
set.seed(123)
data = matrix(sample(100), nrow=10, ncol=10)
rownames(data) = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J")
colnames(data) = 1:ncol(data)

heatmap.2(data,
          Colv=TRUE,
          Rowv=TRUE,
          labCol=as.expression(lapply(colnames(data), function(a) bquote(italic(.(a))))),
          labRow=as.expression(lapply(rownames(data), function(a) bquote(italic(.(a))))),
          xlab=NA,
          ylab=NA)