如何在 R 中的樹狀圖中為簇設置標簽？

[英]How to set a label for a cluster in a dendrogram in R?

我想在一個盒子和每個集群中插入一個標簽，如下所示： 但是，我得到的是： 其中cluster的名字在specie label里，不是第一張圖對應的cluster。 我的數據是： 我的代碼是（ 改編）： ...

將組信息添加到 pvclust 樹狀圖而不是樣本名稱

[英]Adding group information to pvclust dendrogram instead of sample name

這就是我正在做的 ####### 讀取元數據 繪制集群 我得到的圖像是我的樣本名稱被標記的地方。 而不是那些樣本名稱，我想根據與樣本名稱順序匹配的 FAB 列來標記它們。 我的數據文件墊和我的元數據 更新的答案 ...

使用 Ape 包根據 R 中定義的組更改樹狀圖“Type = Fan”上的提示標簽

[英]Changing the Tip Labels on a Dendrogram "Type = Fan" Based on a Defined Group in R Using the Ape Package

問題： 我有一個名為Sub_Whistle_Count的數據框（見下文） 。 我正在嘗試使用hclust()進行分層分析，但我無法自定義正確的標簽名稱Whistle_Type_Sub （海豚產生的 28 種不同的哨子子類型）以出現在樹狀圖中，只有數字標識符（見下文） 。 我正在嘗試使用行Whi ...

指定三個聚類組，但樹狀圖聚類成四個

[英]specifying three cluster groups, but dendrogram clusters into four

我有一個令人沮喪的問題，我無法重現（我希望我能）。 我用三個生態數據集生成了樹狀圖，每個數據集使用相同的代碼但唯一的對象。 樹狀圖中的每一片葉子都是一個調查圖，物種存在/豐度推動了聚類。 我將樹狀圖分成 3 組，並為每組進行顏色編碼。 當使用歐幾里得距離進行聚類時，這適用於所有三個數據集，而當使用 ...

error in.rect_dendrogram(dend, k = k, palette = rect_border, rect_fill = rect_fill, : k 必須在 2 到 97 之間

[英]Error in .rect_dendrogram(dend, k = k, palette = rect_border, rect_fill = rect_fill, : k must be between 2 and 97

我正在嘗試為我用 98 個主題生成的結構主題 model 估計 R 中的聚類樹狀圖。 我首先運行了以下運行良好的： 然后我嘗試使用以下語法可視化樹狀圖： 在這里，我收到以下錯誤： Error in.rect_dendrogram(dend, k = k, palette = rect_border, ...

在 R 中的樹狀圖的彩色條上訂購 colors

[英]Ordering colors on colored bar for dendrogram in R

The vi.nette for the R package dendextend ( https://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vi.nettes/dendextend.html ) gives an example of using ...

使用 plot function 和 as.dendrogram object 的邊距問題

[英]Problem with margins using plot function with as.dendrogram object

我正在嘗試使用基本 R 函數和 package“dendextend”來自定義集群 plot。 首先，我使用公共 hclust() function 生成一個集群。然后我使用“dendextend”為 k=groups 定義的分支着色。 然后我使用 plot()、points() 和 text() ...

在 R 中保存使用 dendextend 修改的樹狀圖

[英]Saving dendrograms modified with dendextend in R

我想在樹狀圖中旋轉幾個組的順序，並設法用dendextend 做到這一點。 但是，當我嘗試使用 ggsave 保存 plot 時，我最終得到了未旋轉的原始樹狀圖。 有沒有辦法用 ggplot2 保存旋轉的樹狀圖？ 我的代碼如下： 我想要的 plot 看起來像這樣： 旋轉樹狀圖我得到的 plot 看 ...

在 R 的樹狀圖中添加標簽

[英]Add labels in dendogram in R

我正在嘗試對時間序列應用層次聚類，以便在住宅百分比變化_from_baseline 的時間序列中識別具有相似行為的狀態。 我得到了樹狀圖，但我在 x 軸上得到的索引只是數字，我想要狀態名稱。 我的數據看起來像這樣：數據這是我的代碼的一部分 當我沒有指定帶有數字標簽的標簽樹狀圖時，我得到了這個樹狀圖但 ...

使用 dendextend colour_branches 時未顯示 groupLabels

[英]groupLabels not shown when using dendextend colour_branches

我要實現的工作流程是： 所以我使用cutree output搜索了彩色樹狀圖分支。 我發現的只是dendextend 。 問題是我無法使用dendextend實施工作流程。 這就是我想出的，但我現在想顯示clusterLabels 此外，嘗試類似groupLabels = 1:4也無濟於事。 使 ...

如何在 R 的樹狀圖中旋轉 ylab 標簽？

[英]How to rotate ylab labels in dendrogram in R?

您好，r 的新手，我的問題是； 我想要順時針方向的樹狀圖如下 plot，如何在樹狀圖中制作水平 ylab 標簽如何減少使用 mtcars 數據的軸刻度和軸標簽之間的空間 ...

如何 label 僅在具有 dendextend 的層次聚類樹中進行一次觀察？

[英]How to label just one observation in hierarchical clustering tree with dendextend?

我想創建一個相對較大的數據集（> 3000 obs）的層次聚類樹。 不幸的是，通過在終端節點包含如此多的標簽，樹看起來非常混亂並且包含許多不必要的信息。 因此，為了減少混亂，我只想對 label 進行一項感興趣的觀察。 我已刪除所有標簽，但我不知道如何檢索和添加我感興趣的 label。 對於 ...

將尖端標簽定位在樹狀圖中的尖端旁邊

[英]Positioning tip labels next to the tips in the dendrogram

我讀了一棵樹（ .nex ），將其轉換為dendro class 和 plot 它使用來自ggdendrogram的ggplot2 。 我怎樣才能 position 在樹狀圖中的尖端旁邊而不是底部的尖端標簽？ output 是這個圖像： 這是數據： ...

plot 樹狀圖如何按給定值（沉積物芯中的深度）而不是按順序排列？

[英]How do I plot dendrogram leaves by a given value (depth in a sediment core) rather than in sequential order?

我正在處理生態數據（沉積岩芯中不同深度處不同硅藻物種的豐度百分比），並希望將結果與代表分層聚類分析 (CONISS) 結果的樹狀圖一起 plot，我將使用該樹狀圖來拆分核心進入生態區。 這是我試圖實現的事情類型的一個例子： 我已經成功地運行了聚類分析，但我正在努力以我想要的方式 plot 樹狀圖。 ...

是否可以更改熱圖中的列順序？

[英]Is it possible to change the order of columns in heatmaply?

我用來自dendextend package的樹狀圖object創建了一個帶有熱圖的樹狀圖。 我想知道是否有辦法更改列的順序：vs、am、carb、wt、drat、gear 等。例如，我想按字母順序對它們進行排序。 這可能嗎？ ...

如何在 R 中創建一個可讀且可以保存的大纏結圖

[英]How can I create a large tanglegram in R that is readable and can be saved

我正在使用 cophyloplot 創建兩個系統發育樹的纏結圖。 該方法適用於小樹，但隨着樹變大，輸出圖像的大小保持不變，我找不到擴展它的方法。 以下是運行良好的小樹的代碼（與示例基本相同： https : //www.rdocumentation.org/packages/ape/version ...

樹狀圖刪除分支末端的樹標簽

[英]Dendrogram plot remove tree labels at end of the branches

使用位於此處https://www.datacamp.com/community/tutorials/hierarchical-clustering-R的示例和位於https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/seeds#的數據，我正在嘗試使用 color_bran ...

僅縮放和繪制給定樹狀圖的特定節點

[英]Zoom and plot only specific node for a given dendogram

嗨，假設我生成了一個樹狀圖： 我想保留這個樹狀圖，但放大節點之一並重新繪制而不重新運行距離和 hclust。 這可能嗎這是我想要剪切和重新繪制的位置的圖像。 ...

解開錯誤標簽在兩棵樹中都不匹配

[英]untangle error labels do not match in both trees

我有兩個樹狀圖，我試圖計算如下的糾纏： 這些樹狀圖是有效的二叉樹。 我收到錯誤消息： 我檢查了兩棵樹的標簽是否都是“字符”類型，但我不明白的是，當我這樣做時： 我得到了所有 Trues 的向量，表明標簽是相同的，所以我不明白我的錯誤來自哪里。 有人可以從阻止我執行解開功能的錯誤中解釋 ...

如何在圖上以相同順序關聯聚類標簽和樹狀圖

[英]How to associate cluster labels and dendrogram in the same order on a plot

我正在嘗試將群集標簽關聯到相應的樹狀圖，問題是樹狀圖未使用我想要的順序，而是從左到右對群集進行排序...我也看到了其他類似的帖子一個很好地總結了我的問題。 但這沒有達到我的預期。 我正在使用此代碼： 這是我得到的情節： 編輯 ： 我的數據是1064x1604矩陣，下 ...