Bio.Phylo 中的標簽 colors

[英]Labels colors in Bio.Phylo

我正在嘗試通過官方文檔熟悉 Biopython for phylog.netics。 https://biopython-tutorial.readthedocs.io/en/latest/notebooks/13%20-%20Phylog.netics%20with%20Bio.Phylo.h ...

從數據集中選擇隨機的 phylog.netic 樹，運行分析並嘗試保存結果

[英]Selecting random phylogenetic trees from data set, runing analysis and trying to save results

我想計算數據集中幾個隨機 phylog.netic 樹的莫蘭指數。 作為結果，我想要一個列表：Moran 指數計算的值和為給定的 Moran 指數計算（在每個循環中）選擇的樹。 我需要知道哪棵樹用於運行 Moran 索引。 我能夠獲得隨機樹的 Moran 值，但是我無法以任何方式保存在每個循環中選擇 ...

從 R 中的 newick 樹制作計時圖

[英]Making a Chronogram from an newick tree in R

我有一個以 newick 文件形式存在的已滅絕分類群的自定義樹。 我想使用 R 創建一個所述樹的圖形，每個節點都有匹配的時間段。 有誰知道如何做到這一點？ ...

如何旋轉時間校准的系統發育樹的節點以匹配 R 中的特定順序？

[英]How to rotate nodes of a time-calibrated phylogenetic tree to match a particular order in R?

我有一個來自 BEAST 的經過時間校准的系統發育樹，我想制作一個圖，其中它的節點被旋轉以匹配任意順序。 以下代碼完全適用於 plot 樹，其節點按輸入文件中的順序排列。 以下代碼是我嘗試以我想要的方式旋轉節點（遵循本教程： http://blog.phytools.org/2015/04/fi ...

在 R 中出現“樹不符合要求；不能 plot。檢查邊緣矩陣”錯誤

[英]Getting "tree badly conformed; cannot plot. Check the edge matrix" error in R

我正在嘗試使用 R 對系統發育樹進行 plot，但是我正在檢查邊緣矩陣錯誤。 我怎樣才能解決這個問題？ 我試圖更改 seq 值以避免出現 NA。 這棵樹可以用 ott 數字很好地繪制，但我想要一些足夠體面的東西來出版。 我會很感激任何幫助。 ...

識別另一個列表中包含的同時是數據框元素的列表元素

[英]Identifying list elements contained in another list that are both elements of a data frame

我有兩個數據框，DF1，DF2，每個都有兩列（a，b）。 一列 (a) 是唯一標識符，另一列是 (b) 列，其中包含包含列表的元素。 該列表包含 label 名稱。 我想搜索 DF2$b 元素以查看它們是否包含在 DF1$b 中，如果是，我想創建一個新列 DF2$c，它采用 DF1a 中的標識符。 ...

使用 R 進行特征跟蹤，粘貼 Excel 表和系統發育樹

[英]Trait tracking using R, with pasted Excel sheet and phylogenetic tree

我想創建一個系統發育樹，我可以在其中追蹤整個進化枝的某個維度。 我按照 Winternitz 2016 的教程進行操作，但現在遇到了一些問題。 這是我到目前為止所做的： 現在我的問題是我的樹有（由 TNT 創建）數字作為分類群的代表，而不是分類群的名稱。 對於復制的表，我為數字創建了一個列，第 ...

R將不同的顏色應用於系統發育樹的分支

[英]R applying different colors to a phylogenetic tree branch

我有一個用 Newick 格式制作的系統發育樹 輸出將是 我用http://etetoolkit.org/treeview/畫了這個，但是用 R 的輸出是一樣的。 我想要做的是將顏色應用於某個分支。 那將是 由於 Newick 輸入不包含除分支 (c,d) 長度為 3 之外的任何信息 ...

在樹文件 class Phylo 的列上使用 function

[英]Using a function on a column from tree file class Phylo

我有一個包含許多提示和內部節點的系統發育樹。 我有一個來自樹的節點 ID 列表。 這些是單獨表格的一部分。 我想在表格中添加一個新列，孩子們。 為了獲得后代（節點和提示），我使用phangorn::Descendants(tree, NODEID, type = 'all') 。 我可以添加長度來 ...

用phylolm解釋PGLS回歸中參數估計的標准誤差

[英]Interpreting standard errors of parameter estimates in PGLS regression with phylolm

我正在使用 phylolm 函數（在 phylolm 包中）進行 PGLS 系統發育分析，但在解釋模型輸出時遇到了一些問題。 我正在運行一個具有連續（對數轉換）響應變量和一個預測變量的 phylolm 模型，該預測變量是具有兩組的因子。 當我更改參考組（從條件 A 到 B）並重新運行相同的模型時， ...

R phytools 為 3D 系統發育樹中的分支添加顏色

[英]R phytools add color to branches in 3D phylogenetic tree

我正在為 3D 系統發育樹使用 R“phytools”庫。 我已經用下面的腳本成功地制作了 3D 樹 輸出是 我想要做的是，由於樹是 3D 的，因此很難區分樹枝。 那么有什么辦法可以給樹枝添加顏色嗎？ ...

是否可以在 ggtree 中將 geom_insert() 用於圓形樹？

[英]Is it possible to use geom_insert() in ggtree for circular trees?

我試圖將我的祖先狀態估計結果作為餅圖包含在系統發育樹的節點上。 它適用於矩形樹，但我真的更喜歡圓形樹。 但是，當我嘗試這樣做時，我收到一條錯誤消息： 可重現的例子： 有沒有可能規避這個錯誤？ 任何幫助將不勝感激 ...

在 treeannotator 分析后得到負分支長度的原因可能是什么？

[英]What can be the reason of getting negative branches lengths after treeannotator analysis?

我認為 BEAST 不允許在先前的分布級別上出現負長度的分支，所以當我在FigTree中查看我的共識樹時，我感到非常驚訝。 這可能是什么原因以及如何應對這種現象？ 我在下一個參數下分析了大約 1500 個 HAV 分類群（亞型：IA，區域：VP1）：GTR+Γ、嚴格時鍾、合並恆定種群。 樹由tr ...

Cmake 沒有看到 OpenCL

[英]Cmake does not see OpenCL

我正在嘗試為BEAGLE安裝 OpenCL。 首先，我從這里下載了 intel_sdk_for_opencl_applications_2020.3.494.tar.gz 。 然后我解壓縮它並運行install.sh 。 安裝成功。 我安裝了 BEAGLE，所以我決定 go 在 beagle -l ...

使用 read.tree() 和 read.newick() 將 Newick 樹讀入 R 時提示標簽未出現

[英]Tip labels not appearing when reading Newick tree into R with read.tree() and read.newick()

我正在嘗試將 Newick 格式的樹讀入 R。我的樹文件如下所示： 當我用 ape::read.tree() 將其讀入 R 時，它似乎正確地讀入了樹的結構，但它沒有導入任何提示標簽： 當我使用 read.newick() 讀入時，它不會導入樹的結構，雖然它會導入提示標簽，但這些提示標簽是錯誤的（很多 ...

使用 geom_label 向系統發育樹中的分支添加多個標簽

[英]Adding multiple labels to a branch in a phylogenetic tree using geom_label

我對 R 非常陌生，所以如果這個問題很明顯，我很抱歉。 我想為系統發育樹中的分支添加多個標簽，但我只能弄清楚如何為每個分支添加一個 label。 我正在使用以下代碼： 我可以使用下面的代碼將多個符號添加到一個分支中，但它非常費力，我不妨手動完成： 提前感謝任何提示或線索！ ...

R 引導錯誤中的 Phylo 相關圖？

[英]Phylo correlogram in R bootstrapping error?

賞金將在 6 天后到期。 此問題的答案有資格獲得+50聲望賞金。 Geomicro正在從有信譽的來源尋找答案。 我有一個phylo4d格式的 16S rDNA 樹（稱為“樹”），我正在嘗試創建一個系統發育相關圖來測試系統發育信號。 我收到以下錯誤，我不確定如何解決此問題。 我是 R 的新手，互聯 ...

用單獨的 df 重命名 phylo 提示標簽

[英]Rename phylo tip labels with separate df

我希望使用第二個 df 重命名我的 phylo 樹中的 1290 個提示標簽。 我可以使用以下代碼一次重命名一個 label： 但這顯然效率低下。 如何使用包含原始提示標簽和新標簽的第二個 df 重命名所有標簽？ 如有必要，我可以提供示例數據（文件非常大）。 謝謝！ ...

使用 phylosig () R 的 Phylo 樹沒有分支長度

[英]Phylo tree has no branch lengths using phylosig () R

我很難理解為什么我的 phylo 樹（從 QIIME2 作為 phyloseq object 導入）在phylosig()中使用時似乎沒有分支長度。 我正在嘗試計算我的 16S 數據集與單個連續元數據變量相比的系統發育信號。 所有示例數據集都包含在此問題的底部。 我的樹phylo與完整的 phylo ...

如何將 phytools phenogram 保存為圖像？

[英]How do I save a phytools phenogram as an image?

我正在使用 R 包 phytools 中的 phenogram() 函數沿着相對時間軸 (x) 和表型繪制系統發育，在這種情況下是年平均溫度 (y)。 它顯示在繪圖窗口中，但它似乎並不作為繪圖對象存在，我可以使用 ggsave 在外部將其另存為圖像。 這是主要的代碼和情節。 如有必要，我可以提供一 ...