我無法獲得導致群體差異的分類群系數

[英]I can't get the coefficients of the taxa that contribute to the groups differences

我正在嘗試獲取在我對動物供應類型進行的最排列組合中產生組間差異最大的分類群的系數。 我粘貼置換測試的結果： permutest(betadispersionAlimentación, pairwise = TRUE)在此處輸入圖像描述當我嘗試獲取系數時，Studio 會這樣回答我： 系數（beta ...

無法在 phyloseq 中生成 object

[英]Trouble making an object in phyloseq

我正在嘗試制作一個可以在 package phyloseq 中使用的 object，但我似乎無法讓它工作。 以下是我數據的一小部分。 第一個是 otu 表，第二個是分類單元。 和 這是我試過的一些代碼： 當我運行代碼以嘗試生成 object 時出現此錯誤：phyloseq（OTUs2，taxa1） ...

R：如何修復 as.matrix() 錯誤消息？

[英]R: How can I fix an as.matrix() error message?

我正在嘗試為 R 中的一些 16S/18S 數據創建分類參考，並且在按照本教程進行操作時遇到了問題。 我正在嘗試從僅為 18S 數據引導的分類法/序列表創建一個 OTU 表。 這是我收到的錯誤，我不確定如何通過 go 修復它： h(simpleError(msg, call)) 中的錯誤： 在 ...

嘗試從 phyloseq 生成 ASV 表

[英]Trying to generate ASV table from phyloseq

我承認大多數人都有相反的問題。 但我正在嘗試創建一個 ASV 表，列名是“已識別的 OTU”（也就是列名來自GlobalPatterns@tax.table的分類信息，而不僅僅是在GlobalPatterns@otu.table中編碼的分配的 OTU 代碼） GlobalPatterns@otu.t ...

面臨 R package Phyloseq 的問題

[英]Facing issue with R package Phyloseq

因為我已經從我的 RStudio 中刪除了 phyloseq package。 每次我運行任何代碼時，下面的行都會一次又一次地停止我的代碼。 每當我打開 RStudio 時，以下行會在控制台中一次又一次地出現。 不知道如何處理這個問題。 請幫我解決這個問題。 我還附上了一張可以正確顯示我的問題的圖片 ...

未能獲得 phylosq object 樣本位置的單個箱線圖間隔

[英]Failing to get individual boxplot intervals for sample locations for phylosq object

我有一個包含 otu_table、tax_table 和 sam_data 的 phyloseq object。 physeq是 phyloseq object。 我想使用以下代碼： 位置是 sam_data 中的一列，位置為 1、2、3 和 4，我的 100 個樣本中的每一個都與一個位置相關聯。 ...

尋找 R 中的代碼以 ____H 或 ____D 總結？

[英]Looking for code in R to summarize by ____H or ____D?

我有一個包含每個樣本的 ASV 的圖表，樣本按數字（樣本）和對應於人類或狗的字母排序。 我正在嘗試查看哪些 ASV 僅存在於人類或僅存在於狗中。 我對如何做到這一點的想法是按狗或人對所有行求和，忽略單個樣本，並查看 0 或大於零的值。 我不確定代碼，已經嘗試了一些東西，但都沒有奏效。 主要使用 p ...

嘗試使用單個列中所有行值的計數來對大表進行子集化

[英]Trying to subset a large table using counts of all row values in a single column

在 R 研究基因組數據。 我正在嘗試對一個非常大的融合 phyloseq 表進行子集化，其中包括一列門 ID，以便刪除包含表中出現次數少於 100000 次的門的行。 我可能錯過了一種“簡單”的方法來做到這一點，但我最終還是嘗試制作自己的 function。 function： 我承認這是我第一次 ...

使用 ggtree 計算和 plot 引導值

[英]Compute and plot bootstrap values with ggtree

我有一個系統發育樹文件，它是做 RAxML 的 output。 我想 plot 這棵樹與 R package ggtree並顯示引導值和節點的內部編號。 實際代碼用節點號繪制樹，但我不知道是否必須計算引導值或從 RAxML 文件中獲取它們。 如果我必須計算它們，我該怎么做？ 我已經搜索了ape pa ...

歸一化方法

[英]Normalization method

我是一名研究微生物組 16S rRNA 序列數據的博士生。 我從以前的學生那里得到了這個用於 phyloseq 歸一化的代碼，並想問是否有人可以幫助解釋它在做什么： ps_norm <- transform_sample_counts(ps, function(x) x / sum(x) ) ...

R使用phyloseq對象計算最豐富的分類群

[英]R calculate most abundant taxa using phyloseq object

我想知道我計算任何分類單元相對豐度平均值的方法是否正確！！！ 如果我想知道，計算 phyloseq 對象（GlobalPattern）中每個家族（或任何分類單元）的相對豐度（百分比）是否正確，例如： 在這種情況下，擬桿菌科是 GlobalPattern 的所有樣本（26 個樣本和 19216 ...

使用另一個分類變量對 x 軸分類變量進行排序

[英]Order x-axis categorical variable using another categorical variable

我有一個如下數據框： 我想通過類中每個不同變量的堆積豐度在 geom_bar 中繪制每個樣本的 ID。 我得到這樣的東西： 這很好用，但我想按階段變量對 x 軸數據（ID）進行排序，具體順序為：“A-X0”、“EGG”、“EL”、“LL”、“PP”、“P “，A-X1”，但我不想將舞台作 ...

如何使用 phyloseq object 生成豐度散點圖和數值變量？

[英]How do I generate scatterplots for abundance and a numerical variable with a phyloseq object?

我在 R 中有一個 phyloseq object，我想生成散點圖以顯示單個分類群與我的樣本數據中的數字變量之間的關聯（即 x 軸上的變量，y 軸上特定分類群的豐度）。 我想我需要做一些循環 function，但我有點不知道如何開始！ ...

計算 phyloseq 對象中每個樣本的頂級分類群

[英]Calculate top taxa per sample in a phyloseq object

我需要計算我的 phyloseq 對象的每個單獨樣本中的前 6 個分類群。 看起來這應該是一個簡單的請求......但我一直無法找到一種方法來做到這一點！ 謝謝 ...

堆疊條形圖，其中 OTU 被識別為不同的分類級別

[英]Stacked bar chart with OTUs identified to different taxonomic levels

我有微生物組數據，其中 OTU 被確定為可能的最低分類水平。 一些 OTU 被識別為屬，其他的被識別為家庭、順序等。我需要創建一個堆積條形圖。 我的問題： 如果我為條形圖選擇“屬”，則任何未識別到屬級別的內容都會在圖表上顯示為“未知”。 如果我選擇更高的級別，我就會失去特異性。 如何 ...

phyloseq：使用 tax_glom 前后 otu 計數的差異

[英]phyloseq: Discrepancies in otu counts before and after using tax_glom

也許我錯過了 tax_glom 的工作原理，但由於我在這里和 web 的其他地方都沒有找到任何信息，也許這里有人可以提供幫助。 我不提供數據，但我可以應要求提供。 這是突出顯示我遇到的問題的代碼 CYANO 是一個 phyloseq object，我想在屬等級上聚集，但我注意到數據可視化中不存在一 ...

plot 在 R package Di.net 生成的 phyloseq object 上按組失敗

[英]Fail to plot by group on a phyloseq object generated by R package Divnet

我打算 plot 我的樣本的 alpha 多樣性 plot，它由三組組成。 Alpha 多樣性由 R package Di.net 計算得出。 它涉及使用 phyloseq 作為依賴項。 每個樣本的組在 sam_data 中指定，phyloseq object 中的“type”列“df_famil ...

嘗試根據字符串更改 ggplot geom_bar 中一個變量的顏色

[英]Trying to change colour of one variable in ggplot geom_bar dependent on the string

我有一個 for 循環來遍歷大量微生物組數據（使用phyloseq ）並為多個實驗生成圖。 示例結果： 我想要做的是將所有“_unclassified”樣本/測序數據設為灰色......所以也許我需要某種帶有str_contains的if語句？ 如果需要，很高興提供一個可重現的示例，但有人可能有一 ...

使用 phylosig () R 的 Phylo 樹沒有分支長度

[英]Phylo tree has no branch lengths using phylosig () R

我很難理解為什么我的 phylo 樹（從 QIIME2 作為 phyloseq object 導入）在phylosig()中使用時似乎沒有分支長度。 我正在嘗試計算我的 16S 數據集與單個連續元數據變量相比的系統發育信號。 所有示例數據集都包含在此問題的底部。 我的樹phylo與完整的 phylo ...

使用 R studio 編輯表格

[英]Editing tables with R studio

門豐富擬桿菌門 12 厚壁菌門 4 變形菌門 3 厚壁菌門 21 厚壁菌門 9 擬桿菌門 15 變形菌門 3 擬桿菌門 8 疣微菌 2 擬桿菌門 5 我的問題是我在 R 工作室有一張像上面這樣的桌子。 我想通過在新表中組合 Phylum 列中的相似表並在執行此操作時添加 Abundance 列來編寫 ...