phyloseq：使用 tax_glom 前后 otu 計數的差異

Question

也許我錯過了 tax_glom 的工作原理，但由於我在這里和 web 的其他地方都沒有找到任何信息，也許這里有人可以提供幫助。 我不提供數據，但我可以應要求提供。 這是突出顯示我遇到的問題的代碼

colSums(CYANO%>%otu_table())

CYANO_gen <- CYANO %>%
  tax_glom(taxrank = "Genus")
colSums(CYANO_gen%>%otu_table())

CYANO 是一個 phyloseq object，我想在屬等級上聚集，但我注意到數據可視化中不存在一個樣本（名為 100）。 這使我檢查了問題發生的位置。 54 個樣本中有 7 個存在差異，如附圖的最后一行所示，這很奇怪，不是嗎？

上面的代碼和另外 2 行給出的結果突出了差異的重要性以及情況並非總是如此的事實

謝謝，紀堯姆

Answer 1

NArm中的tax_glom項默認設置為 TRUE。 為避免丟失對 NA 細胞的觀察結果，您需要設置NArm = FALSE 。 干杯