嘗試從 phyloseq 生成 ASV 表

Question

我承認大多數人都有相反的問題。 但我正在嘗試創建一個 ASV 表，列名是“已識別的 OTU”（也就是列名來自GlobalPatterns@tax.table的分類信息，而不僅僅是在GlobalPatterns@otu.table中編碼的分配的 OTU 代碼） GlobalPatterns@otu.table )，並將行名稱作為樣本名稱。

我還想將 append 元數據放到 ASV 表的末尾，以允許基於所述元數據進行分析。

我設法使用此代碼生成了一個沒有分類信息的表，使用 GlobalPatterns 以實現可重復性：

data(GlobalPatterns)
asv.matrix <- as.matrix(GlobalPatterns@otu_table@.Data)
asv <- data.frame(t(asv.matrix))                                   #transposing to make sample name the row name
meta.df <- as.data.frame(GlobalPatterns@sam_data)
asv.full <- data.frame(asv,meta.df)
write.csv(asv.full, file = "full_asv.csv",quote = FALSE,sep = ",")

但是，我不知道如何將分類信息強制輸入列名，這使得 ASV 表在功能上對分析毫無用處。

Answer 1

我認為您正在尋找phyloseq::psmelt function，它將otu_table 、 tax_table和sample_data表組合成一個適合分析的單個長格式表。

處理未解決的分類法的一種方法是將已知的最高分類法分配給任何未解決的級別。 在使用 psmelt 之前，您可以為此使用來自name_na_taxa package 的fantaxtic psmelt 。