使用 ggtree 計算和 plot 引導值

Question

我有一個系統發育樹文件，它是做 RAxML 的 output。 我想 plot 這棵樹與 R package ggtree並顯示引導值和節點的內部編號。

實際代碼用節點號繪制樹，但我不知道是否必須計算引導值或從 RAxML 文件中獲取它們。 如果我必須計算它們，我該怎么做？ 我已經搜索了ape package 函數，但我找不到任何東西。

treeR <- treeio::read.tree("RAxML_bipartitionsBranchLabels.tre")
treeplot <- function(tree, x){
  ggtree(tree) + 
    geom_tiplab(align=TRUE, size=3, color='#609ECF', linesize=.5) + 
    hexpand(.3) +
    labs(title = x) +
    # geom_text(aes(label=bootstrap), hjust=-.25, size = 3) +
    geom_text2(aes(subset=!isTip, label=node), # subset=!isTip
               size = 3.5,
               color = "#0063B1",
               hjust = 1, 
               vjust = -1.5
               ) 
}

treeplot(treeR, "Phylogenetic tree")

RAxML 文件： https://drive.google.com/drive/folders/1KcOnFWUcLetkDj5Q9Y2KQaSHdsQf2isR?usp=sharing

Answer 1

您的腳本看起來不錯，唯一的事情是您應該使用 read.raxml function 讀取樹

https://rdrr.io/bioc/treeio/man/read.raxml.html

這應該會顯示您的引導值