如何在 ggtree 中使用 plot 彩色提示標簽而不將其作為圖例的一部分？

Question

我一直在嘗試使用ggtree中的 ggtree package plot 一棵帶有顏色編碼的分支和提示的樹。 這是一個使用Anolis蜥蜴樹的示例代碼。

library(ggtree);library(tidyverse);library(ape)
anole.tree<-read.tree("http://www.phytools.org/eqg2015/data/anole.tre")
svl <- read.csv("http://www.phytools.org/eqg2015/data/svl.csv",row.names=1)
cls<-list(clade1=c("baleatus","barahonae","ricordii","eugenegrahami","christophei","cuvieri"),
          clade2=subset(anole.tree$tip.label,!(anole.tree$tip.label %in% c("baleatus","barahonae","ricordii","eugenegrahami","christophei","cuveri"))))
anole.tree_new<-groupOTU(anole.tree,.node=cls)
ggtree(anole.tree_new,layout="circular",ladderize=TRUE)+
  geom_tree(aes(color=group))+
  scale_color_manual(values=c("blue","red"))+
  geom_tiplab(size=0.8,aes(color=group))+
  theme(legend.position = c(0.9, 1),
        legend.justification = c(0,1),
    legend.title=element_text(size=7),legend.text=element_text(size=7))

我遇到的問題是生成的 plot 包含一個文本元素（一個小的“a”）作為圖例的一部分。 我一直無法弄清楚如何從圖例中省略這個文本元素。 我想保留圖例本身，但我不希望在上例中與紅線和藍線一起繪制的紅色和藍色“a”。

通常它就像不將顏色參數設置為元素標簽 (geom_tiplab) 中的 aes 一樣簡單。 但是，如果我不調用 aes 下的組顏色...

ggtree(anole.tree_new,layout="circular",ladderize=TRUE)+
  geom_tree(aes(color=group))+
  scale_color_manual(values=c("blue","red"))+
  geom_tiplab(size=0.8,color=group)+
  theme(legend.position = c(0.9, 1),
        legend.justification = c(0,1),
        legend.title=element_text(size=7),legend.text=element_text(size=7))

我收到一條錯誤消息，提示找不到 object“組”。 所以它似乎不像普通的ggplot那么簡單。

Answer 1

您可以通過在該 geom 調用中設置 boolean show.legend從任何幾何圖形（至少，我認為是任何幾何圖形）中刪除向圖例添加的美學。 所以， show.legend = FALSE似乎對我有用：

ggtree(anole.tree_new,layout="circular",ladderize=TRUE)+
  geom_tree(aes(color=group))+
  scale_color_manual(values=c("blue","red"))+
  geom_tiplab(size=0.8,aes(color=group), show.legend=FALSE)+
  theme(legend.position = c(0.9, 1),
        legend.justification = c(0,1),
        legend.title=element_text(size=7),legend.text=element_text(size=7))

或者，您可以通過覆蓋圖例的美學來執行此操作而不使用show.legend 。 在這種情況下，您可能希望將所有標簽轉換為空字符串，因此圖例上顯示的 label 只是"" 。 您可以通過guides()做到這一點：

# add the following to your plot code
guides(color=guide_legend(override.aes = list(label="")))

Answer 2

您可以使用以下代碼在scale_color_manual()中調整圖例 var label 的文本： label=c("whatever you want","more what ever")

ggtree(anole.tree_new,layout="circular",ladderize=TRUE)+
  geom_tree(aes(color=group))+
  scale_color_manual(values=c("blue","red"), label=c("whatever you want","more what ever"))+
  geom_tiplab(size=0.8,aes(color=group))+
  theme(legend.position = c(0.9, 1),
        legend.justification = c(0,1),
        legend.title=element_text(size=22),legend.text=element_text(size=22))