ggtree：通過尖端標簽突出顯示進化枝

Question

是否可以通過 ggtree 中的提示標簽突出顯示進化枝（下例中的 A_ 和 B_）？ 查找節點編號真的很煩人，尤其是當您有超過 1000 個提示時。

set.seed(2015-12-21)
tree <- rtree(30)
tree$tip.label <- c(paste0(rep("A_", 15), rep(1:15)), paste0(rep("B_", 14), rep(1:14)), "C_1")
ggtree(tree) + geom_highlight(node = 33) + geom_tiplab() + xlim(NA, 8)

Answer 1

指定 id 的第一個

id <- c("A_", "B_", "C_")

然后使用ape包查找MRCA節點

parent_nodes <- sapply(id, function(x) ape::getMRCA(tree, tree$tip.label[str_detect(tree$tip.label, x)]))
parent_nodes
$A_
[1] 33

$B_
[1] 47

$C_
NULL

並使用它們來突出進化枝：

g <- ggtree(tree)
g + geom_j