如何使用 R 中的 ggtree 鏈接倒圓形系統發育樹中的幾個尖端節點

Question

我想用 R 中的 ggtree 創建一個帶注釋的系統發育樹的圓形布局圖。 一些尖端節點必須通過曲線連接。 我可以在矩形布局中使用 geom_taxalink() function 來實現這一點，但它在圓形布局中不起作用。 這似乎是因為 geom_taxalink() 使用了 geom_curve()，它不支持非線性坐標。 我收到以下消息：

“警告信息：
geom_curve 不適用於非線性坐標”

下面：可重現的代碼，我得到的 output，我想要的 output，以及 session 信息。

對於獲得所需結果的任何幫助，我將不勝感激。

謝謝！

塞繆爾

示例代碼：

library(treeio)
library(ggtree)
library(ggplot2)

raxml_file <- system.file("extdata/RAxML", 
                          "RAxML_bipartitionsBranchLabels.H3",
                          package="treeio")

raxml <- read.raxml(raxml_file)
raxml <- as_tibble(raxml)
raxml$label <- gsub("_.*$", "", raxml$label)
raxml <- as.treedata(raxml)

my_tree <- ggtree(raxml, layout = "circular", branch.length = "none") +
  geom_tiplab2(size = 3, hjust = 1) +
  geom_taxalink("EU857082", 
                "YGSIV1534",
                color = "red") +
  scale_x_reverse(limits = c(100, 0))

ggsave("my_tree.png", my_tree,
       width = 10, height = 10, units = "in",
       dpi = 300)

這是我得到的結果示例的鏈接：

以下是所需結果示例的鏈接：

Session 信息：

info <- sessionInfo()
toLatex(info, locale = FALSE)

    # \begin{itemize}\raggedright
    # \item R version 4.0.2 (2020-06-22), \verb|x86_64-pc-linux-gnu|
    #   \item Running under: \verb|Ubuntu 18.04.4 LTS|
    #   \item Matrix products: default
    # \item BLAS:   \verb|/usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1|
    #   \item LAPACK: \verb|/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1|
    #   \item Base packages: base, datasets, graphics, grDevices, methods,
    # stats, utils
    # \item Other packages: ggplot2~3.3.2, ggtree~2.2.1, treeio~1.12.0
    # \item Loaded via a namespace (and not attached): ape~5.4,
    # aplot~0.0.4, assertthat~0.2.1, BiocManager~1.30.10, cli~2.0.2,
    # colorspace~1.4-1, compiler~4.0.2, crayon~1.3.4, dplyr~1.0.0,
    # ellipsis~0.3.1, fansi~0.4.1, farver~2.0.3, generics~0.0.2,
    # glue~1.4.1, grid~4.0.2, gtable~0.3.0, jsonlite~1.7.0, labeling~0.3,
    # lattice~0.20-41, lazyeval~0.2.2, lifecycle~0.2.0, magrittr~1.5,
    # munsell~0.5.0, nlme~3.1-148, parallel~4.0.2, patchwork~1.0.1,
    # pillar~1.4.6, pkgconfig~2.0.3, purrr~0.3.4, R6~2.4.1, Rcpp~1.0.5,
    # rlang~0.4.7, rstudioapi~0.11, rvcheck~0.1.8, scales~1.1.1,
    # tibble~3.0.3, tidyr~1.1.0, tidyselect~1.1.0, tidytree~0.3.3,
    # tools~4.0.2, vctrs~0.3.1, withr~2.2.0
    # \end{itemize}

Answer 1

解決方案是升級到2.3.2版本（最后一個版本為2020年7月15日），由package的作者托管在github上：

devtools::install_github("YuLab-SMU/ggtree")