R ggtree：如何使用 ggtree 標記單個樹尖類似於使用 geom_cladelabel 標記節點

Question

我在使用 ggtree 標記樹中的單個提示時遇到問題。 我正在嘗試使用 geom_hilight 和 geom_cladelabel 突出顯示和標記樹中的節點。 這對於具有 1 個以上樹尖的節點似乎工作正常，但是當我嘗試標記單個提示時，我收到一條警告消息並且該提示沒有被標記。

例子：

library(dplyr)
library(ggtree)

library(dplyr)
library(ggtree)

#Create tree
set.seed(123)
tree <- rtree(30)
ggtree(tree)

#Highlight and label clade
ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node)) + geom_tiplab(size=3, offset=0.1) +
  geom_hilight(node=3, fill="steelblue", alpha=0.5) +
  geom_hilight(node=38, fill="pink", alpha=0.5) +
    geom_cladelabel(node=38, label="clade 2", align=T, 
                  color='black', fontsize=4)

如您所見，我可以使用 geom_hilight 突出顯示節點 38 和 3。 我還使用 geom_cladelabel 用文本“Clade 2”標記了節點 38。

但是，當我嘗試使用 geom_cladelabel 標記節點 3 時，我收到一條警告消息：

#Highlight and label single tip
ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node)) + geom_tiplab(size=3, offset=0.1) +
  geom_hilight(node=3, fill="steelblue", alpha=0.5) +
  geom_hilight(node=38, fill="pink", alpha=0.5) +
    geom_cladelabel(node=3, label="clade 1", align=T, 
                  color='black', fontsize=4) +
    geom_cladelabel(node=38, label="clade 2", align=T, 
                  color='black', fontsize=4)

Warning messages:
1: In max(sp.df$x, na.rm = TRUE) :
  no non-missing arguments to max; returning -Inf
2: In min(y) : no non-missing arguments to min; returning Inf
3: In max(y) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
4: In max(sp.df$x, na.rm = TRUE) :
  no non-missing arguments to max; returning -Inf
5: In min(y) : no non-missing arguments to min; returning Inf
6: In max(y) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

由於某種原因，來自進化枝標簽的行最終覆蓋了整棵樹：

有沒有一種方法可以像 clade_geomlabel 對常規節點所做的那樣以相同的方式標記單個尖端？

任何幫助表示贊賞。

Answer 1

這不是真正的答案，但希望能幫助您進行故障排除，因為我沒有收到錯誤消息。 請參閱下面的代碼、情節和會話信息。 似乎錯誤來自clade_functions.R 。 我會嘗試的第一件事是檢查 tidyr 和 tidytree 包，這部分似乎嚴重依賴於此。

library(dplyr)
library(ggtree)

#Create tree
set.seed(123)
tree <- rtree(30)
ggtree(tree)

ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node)) + 
geom_tiplab(size=3, offset=0.1) +
geom_hilight(node=3, fill="steelblue", alpha=0.5) +
geom_hilight(node=38, fill="pink", alpha=0.5) +
geom_cladelabel(node=3, label="clade 1", align=T, 
                  color='black', fontsize=2) +
geom_cladelabel(node=38, label="clade 2", align=T, 
                  color='black', fontsize=2)

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: OS X El Capitan 10.11.6

Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[2] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[2] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[2] ggtree_1.16.6 dplyr_0.8.3  

loaded via a namespace (and not attached):
 [2] Rcpp_1.0.2          magrittr_1.5        tidyselect_0.2.5   
 [4] munsell_0.5.0       colorspace_1.4-1    ape_5.3            
 [7] lattice_0.20-38     R6_2.4.0            rlang_0.4.1        
[10] parallel_3.6.1      grid_3.6.1          nlme_3.1-140       
[13] gtable_0.3.0        lazyeval_0.2.2      assertthat_0.2.1   
[16] lifecycle_0.1.0     tibble_2.1.3        crayon_1.3.4       
[19] treeio_1.8.2        BiocManager_1.30.10 purrr_0.3.3        
[22] ggplot2_3.2.1       tidyr_1.0.0         vctrs_0.2.0        
[25] zeallot_0.1.0       tidytree_0.3.2      glue_1.3.1         
[28] labeling_0.3        compiler_3.6.1      pillar_1.4.2       
[31] backports_1.1.5     rvcheck_0.1.5       scales_1.0.0       
[34] jsonlite_1.6        pkgconfig_2.0.3