使用點將尖端標簽鏈接到系統樹，並修復過度擁擠的尖端標簽

Question

我正在嘗試使用Rstudio中的ape和phytools軟件包進行祖先重建。 我的問題是，在我的系統發育樹中，尖端標簽/物種名稱過於擁擠且難以辨認。 目前，我的樹上有262種植物的數據集。

可以在此處找到數據的示例nexus文件 。

我到目前為止制作的祖先重建樹在這里： http : //i.imgur.com/WFoEu7S.png 。

每個種類的字符狀態為0或1，並具有針對每個狀態的節點和尖端標簽。 最終，我想用各自的字符狀態（分別為紅色或黑色）為分支着色。

理想情況下，我希望在此處的鏈接中生成一個類似於上一個關於堆棧溢出的問題的非超常樹。

我嘗試通過此鏈接為自己的樹實現R代碼，但收效甚微。

下面是我在R中的代碼。我仍在學習R，並且不熟悉某些繪圖方法，並懷疑這可能是這里的問題：

tree = read.nexus("test_nexus")
dichot_tree = multi2di(tree) 

dichot_tree$edge.length<-runif(n=nrow(dichot_tree$edge),min=0,max=1)

dichot_tree$edge.length[dichot_tree$edge.length<1]<-1
domest = read.nexus.data("test_nexus")    

aceDISCRETE<-ace(as.numeric(domest), dichot_tree, type="discrete")

plot(dichot_tree, cex=0.5, label.offset=1, no.margin=TRUE)
tiplabels(pch=22, bg=as.numeric(domest),cex=1, adj=1)
nodelabels(pie=aceDISCRETE$lik.anc, piecol=c("black", "red"), cex=0.25)    

Answer 1

有兩種可能的方法可以使筆尖標簽更具可讀性。 首先，您可以減小字體大小（這將是plot函數的cex參數）。 其次，您正在使用RStudio，看起來您當前的繪圖區域為正方形。 您可以調整不同的面板，以使繪圖區域成為一個非常高的矩形，這將在您繪制樹時對其進行擴展。 或者，您可以創建一個外部繪圖區域（我使用windows() ，您可以指定高度和寬度。）或者，在RStudio中保存圖形時，您應該能夠更改輸出的高度/寬度/縱橫比。 您也應該能夠在這里使它更高。