我無法獲得導致群體差異的分類群系數

Question

我正在嘗試獲取在我對動物供應類型進行的最排列組合中產生組間差異最大的分類群的系數。 我粘貼置換測試的結果：

permutest(betadispersionAlimentación, pairwise = TRUE)在此處輸入圖像描述

當我嘗試獲取系數時，Studio 會這樣回答我：

系數（betadispersionAlimentación）[“C”，] NULL

獲取系數的 object 的類型是：Permanova？ 分散劑？ 置換測試？

我不知道如何獲得導致差異的分類單元（屬、科、種...）。

有人可以幫我嗎？

非常感謝！

Answer 1

對於任何有同樣問題的人。 從我發布問題的那一天起，我就一直在努力解決這個問題。 為了獲得更有助於差異的屬或物種，我使用了素食圖書館。

這里我使用 Vegan Distance 來創建 de distance object

DIST_ABUNDANCES <- vegdist(t(OTU_ABUNDANCES))

在這里，我使用方差分析 function 來創建所有值。

anova(betadisper(DIST_ABUNDANCES, META_ABUNDANDES$Sexo))

在這里，我做了置換測試來比較變量 Sexo 的所有值

permutest(betadisper(DIST_ABUNDANCES, META_ABUNDANDES$Sexo), pairwise = TRUE)

這里我取了方差分析的相關系數來尋求目標

COEF_ABUNDANCES <- coefficients(PERMANOVA_ABUNDANCES)["Sexo1",] 

我創建了最高系數 object

TOP.COEF_ABUNDANCES <- COEF_ABUNDANCES[rev(order(abs(COEF_ABUNDANCES)))[1:20]]

這里我設計了系數的plot

par(mar = c(3, 14, 2, 1))
barplot(sort(TOP.COEF_ABUNDANCES), horiz = T, las = 1, main = "Top taxa")

我遵循了本教程： https://mibwurrepo.github.io/Microbial-bioinformatics-introductory-course-Material-2018/multivariate-comparisons-of-microbial-community-composition.html