我无法获得导致群体差异的分类群系数

Question

我正在尝试获取在我对动物供应类型进行的最排列组合中产生组间差异最大的分类群的系数。 我粘贴置换测试的结果：

permutest(betadispersionAlimentación, pairwise = TRUE)在此处输入图像描述

当我尝试获取系数时，Studio 会这样回答我：

系数（betadispersionAlimentación）[“C”，] NULL

获取系数的 object 的类型是：Permanova？ 分散剂？ 置换测试？

我不知道如何获得导致差异的分类单元（属、科、种...）。

有人可以帮我吗？

非常感谢！

Answer 1

对于任何有同样问题的人。 从我发布问题的那一天起，我就一直在努力解决这个问题。 为了获得更有助于差异的属或物种，我使用了素食图书馆。

这里我使用 Vegan Distance 来创建 de distance object

DIST_ABUNDANCES <- vegdist(t(OTU_ABUNDANCES))

在这里，我使用方差分析 function 来创建所有值。

anova(betadisper(DIST_ABUNDANCES, META_ABUNDANDES$Sexo))

在这里，我做了置换测试来比较变量 Sexo 的所有值

permutest(betadisper(DIST_ABUNDANCES, META_ABUNDANDES$Sexo), pairwise = TRUE)

这里我取了方差分析的相关系数来寻求目标

COEF_ABUNDANCES <- coefficients(PERMANOVA_ABUNDANCES)["Sexo1",] 

我创建了最高系数 object

TOP.COEF_ABUNDANCES <- COEF_ABUNDANCES[rev(order(abs(COEF_ABUNDANCES)))[1:20]]

这里我设计了系数的plot

par(mar = c(3, 14, 2, 1))
barplot(sort(TOP.COEF_ABUNDANCES), horiz = T, las = 1, main = "Top taxa")

我遵循了本教程： https://mibwurrepo.github.io/Microbial-bioinformatics-introductory-course-Material-2018/multivariate-comparisons-of-microbial-community-composition.html