標簽[pvclust] - 堆棧內存溢出

[英]Adding group information to pvclust dendrogram instead of sample name

這就是我正在做的 ####### 讀取元數據繪制集群我得到的圖像是我的樣本名稱被標記的地方。而不是那些樣本名稱，我想根據與樣本名稱順序匹配的 FAB 列來標記它們。我的數據文件墊和我的元數據更新的答案 ...

[英]Function returning a plot not list of plots

我正在嘗試運行 pvclust 作為測試我在文件的一小部分中運行它。問題是它有效，但不是列表，我將使用下游將其打印到打印的單個文件中。我的代碼要將其打印到單個文件，這就是我正在做的但是我的 hm_list 變空了，輸出正在打印，這是我不想要的。我想將輸出存儲為想要將其打印到文件的 ...

pvclust 的漢明距離度量

[英]Hamming distance measure for pvclust

我正在嘗試為 pvclust 聚類方法創建漢明距離度量。（沒有為這個 function 定義一個。）我基於為余弦度量給出的示例：我嘗試這樣做：不幸的是它不能正常工作。任何人都有任何帖子，錯誤在哪里以及如何解決？ ...

調整 pvclust package 制作的樹狀圖

[英]Adjust dendogram made by the pvclust package

我想改進我使用pvclust package 制作的樹狀圖。正如您在圖像中看到的那樣，我無法看到大多數 AU / BP 標簽。你能幫我解決這個問題嗎？我想查看樹狀圖的所有 AU / BP 標簽。下面是一個可執行代碼。謝謝！考慮 325 個地點 ...

pvclust 可以組合不是變量，而是 obs。在 R

[英]can pvclust combine not variables,but obs. in R

讓我們以它為例我們看到 pvclust 結合了變量。是否可以在集群中結合觀察 IE。我想要輸出（帶集群變量）如何將集群分配給觀察 ...

pvclust編輯樹狀圖

[英]pvclust edit dendogram graph

我正在運行一些聚類分析，並且正在使用pvclust，如下所示：我想編輯圖形並刪除紅色，綠色和灰色數字。我也想根據一個特定的列mtcars$cyl在x軸上標記標簽 ...

旋轉葉叢樹狀圖中的葉子標簽

[英]Rotate leaf labels in pvclust dendrogram plot

我在R中使用pvclust軟件包執行引導式分層群集。然后將輸出繪制為具有一些額外功能（不同的默認標題，節點的p值）的群集對象。我在這里的一個地塊上附加了一個鏈接。除了我需要葉子標簽水平顯示而不是垂直顯示之外，此圖正是我想要的。據我所知，plot.hclust中沒有旋轉葉子標簽 ...

在R中使用pvclust更改標簽樹狀圖

[英]Change label dendrogram with pvclust in R

我試圖讓一個群集驗證具有以下pvclust 這個例子：這似乎工作正常。但是，如果我用以下方法可視化結果：我看不到AU / BP標簽，因為它們被顯示為樹狀圖標簽的列標題覆蓋了。樹狀圖的圖像我嘗試使用dendextend包來關閉標簽，但是我無法使其與pvclu ...

使用''ward''方法與pvclust R包時出錯

[英]Error when using ''ward'' method with pvclust R package

我正在嘗試使用pvclust包進行聚類分析時遇到一些麻煩。具體來說，我有一個由物種（行）和采樣站（列）組成的數據矩陣。我想執行一個CA，以便根據我的物種豐度（我之前記錄的log（x + 1））對我的采樣站進行分組。一旦充分准備好我的矩陣，我就嘗試根據pvclust包運行CA， ...

將列表轉換為R中的命名向量

[英]Converting a list into a named vector in R

我對R上的pvclust軟件包進行了聚類分析。我使用命令“ pvpick”提取了所得的聚類組件，從而得到了包含8個聚類的列表。對於我的下一個分析，我需要從此列表中創建一個“命名矢量”，就像使用群集程序包的“ cuttree”功能時所得到的那樣，並以每個物種名稱（例如“ sco.plu” ...

有人可以解釋R中pvclust函數的輸出嗎？

[英]Can someone explain the output from the pvclust function in R?

在R中的pvclust包中，有pvclust()函數。在函數幫助文件中提供的示例中，有以下函數：這應該打印出具有高p值的聚類。該函數的輸出是：我很難理解輸出的含義，特別是因為我對聚類分析的技術背景非常有限。特別是，我不理解每個集群下名稱向量的含義。有人可以幫我 ...

R中的分層聚類-'pvclust'問題

[英]Hierarchical Clustering in R - 'pvclust' Issues

我舉了一個可重復的例子，說明我在使用pvclust時遇到了麻煩。我的目標是在層次聚類樹狀圖中選擇理想的聚類。我聽說過“ pvclust”，但不知道如何使用它。另外，如果除了此以外還有其他建議來確定理想的群集，這將非常有幫助。提供了我的代碼。出現錯誤，指出： ...

自舉自己的內置函數pvclust不起作用

[英]bootstrapping own built function pvclust does not work

我正在使用序列分析方法，以測量不同的“空間使用序列”之間的相似性，以字符串表示。這是一個理論示例，其中包含兩個序列的三個類別（A：城市，B：農業，C：山地）：我們用來測量序列之間相似度的距離度量是漢明距離（即測量序列中的一個字符需要被替換的頻率以使序列相等），在上面的示例中， ...

如何在R中以NEWICK格式附加集群（樹）節點的引導值

[英]How to append bootstrapped values of cluster's (tree) nodes in NEWICK format in R

我想使用交互式生命之樹基於Web的工具（iTOL）創建一個樹（集群）。作為輸入文件（或字符串），此工具使用Newick格式，這是一種使用括號和逗號表示邊長的圖理論樹的方法。除此之外，可能還支持其他信息，例如群集節點的引導值。例如，在這里我使用clusterGeneratio ...

R中的聚類分析：如何從pvclust獲得確定性結果？

[英]Cluster analysis in R: How can I get deterministic results from pvclust?

pvclust非常適合R中的群集分析。但是，將其作為批處理操作的一部分運行時，對於相同的數據獲得不同的結果很煩人。顯然，同一數據有許多“正確”的聚類，而且pvclust似乎使用某種隨機性來確定特定運行的聚類。但是有什么方法可以得到確定性的結果嗎？我希望能夠提出一個最小的，可重復的 ...

使用pvclust聚類一維數據

[英]cluster one-dimensional data using pvclust

感謝您抽出寶貴時間閱讀此問題。我有一些一維數據要聚集在R中。基本的hclust命令可以正常工作。但是， pvclust命令不會獲取一維數據，並且一直在說：我找到了一種解決方法，在數據中添加了一些全零行。因此數據變為：然后我運行了pvclust ，它成功了！ ...

將pvclust R函數應用於預先計算的dist對象

[英]applying the pvclust R function to a precomputed dist object

我正在使用R來執行分層聚類。作為第一種方法，我使用了hclust並執行了以下步驟：我導入了距離矩陣我使用as.dist函數在dist對象中轉換它我在dist對象上運行了hclust 這是R代碼：此時我想用函數pvclust做類似的pvclus ...

R將名稱轉換為數字

[英]R convert names to numbers

我有一個捐贈和捐贈者姓名的數據框。我正在嘗試使用pvclust包進行一些聚類。不幸的是，包似乎沒有采用非數字數據。我有兩個問題。 1）是否有其他包裝或方法可以做得更好？ 2）有沒有辦法“規范化”捐贈者名單？即獲得唯一捐贈者名稱的列表，為每個捐贈者名稱分配一 ...

在 R 中使用 pvclust 進行聚類分析

[英]Cluster Analysis using pvclust in R

我想對某些列（變量）進行聚類分析，比如 var 5-var10。為此，我在pvclust中使用了 pvclust。現在，我想將這一列集群添加到實際的 dataframe 中。誰能幫我解決這個問題。我使用的代碼如下： ...