使用pvclust聚類一維數據

Question

感謝您抽出寶貴時間閱讀此問題。 我有一些一維數據要聚集在R中。基本的hclust命令可以正常工作。 但是， pvclust命令不會獲取一維數據，並且一直在說：

Error in hclust(distance, method = method.hclust) : 
  must have n >= 2 objects to cluster

我找到了一種解決方法，在數據中添加了一些全零行。 因此數據變為：

       [,1]   [,2]   [,3]  [,4]  [,5]   [,6]   [,7]   [,8]   [,9]  [,10]
[1,]  7.424 14.251 15.957 1.542 2.451 20.836 13.534 20.003 12.555 10.817
[2,]      0      0      0     0     0      0      0      0      0      0
[3,]      0      0      0     0     0      0      0      0      0      0
[4,]      0      0      0     0     0      0      0      0      0      0

然后我運行了pvclust ，它成功了！

但是我擔心這種解決方法會破壞pvclust背后的數學。 誰能告訴我我是對還是錯，以及我的問題是否有更好的解決方案？

謝謝！

Answer 1

首先，讓我指出，這些方法都不適合一維數據 。

對於一維數據，請使用一種可以對數據進行排序的方法 。 例如，使用基於核密度估計的方法。

術語“集群分析”通常僅用於多維數據 。 在一個維度上，有更好的方法。 另請參閱“自然中斷優化”，但恕我直言，您應該使用內核密度估計：在KDE中以局部最小值分割數據。

現在是您的實際問題。 最可能的問題是您正在傳遞1維數據。 它被解釋為一個具有d維的記錄，因此該方法抱怨只有一個樣本。 您可以先移調記錄來獲得成功。

如果您添加零記錄，結果很可能會變得虛假。 您可能正在對一個數據集進行聚類，該數據集包含1個包含數據的向量和3個全為零的向量...

但是最后， 無論如何您都不應該在這里使用這些方法 ！ 使用一種可以對您的數據進行排序的方法。