在R中使用pvclust更改標簽樹狀圖

Question

我試圖讓一個群集驗證具有以下pvclust 這個例子：

result <- pvclust(mydata, method.dist = "euclidean", method.hclust = "ward.D2", nboot = 1000)

這似乎工作正常。 但是，如果我用以下方法可視化結果：

plot(result)

我看不到AU / BP標簽，因為它們被顯示為樹狀圖標簽的列標題覆蓋了。

樹狀圖的圖像

我嘗試使用dendextend包來關閉標簽，但是我無法使其與pvclust輸出結合使用（然后不顯示結果）。 有沒有人有我可以使用的方法或軟件包？ 也許有可能以某種方式放大並剪切圖像？ 我也嘗試了RStudio的放大功能，但是仍然無法正確看到AU / BP標簽（請參見上面的鏈接）。

Answer 1

有趣的情況。 有幾種處理方法。 可能最簡單的方法是縮寫標簽（首先需要進行dendextend才能輕松更新標簽），並且需要訪問pvclust中的hclust對象。 這是一種方法：

library(pvclust)
library(dendextend)

### example using Boston data in package MASS
data(Boston, package = "MASS")
## multiscale bootstrap resampling (non-parallel)
Boston_too_long_names <- Boston
names(Boston_too_long_names) <- paste0(names(Boston_too_long_names), "000000000000000000000000000000000000000000000")
boston_pv <- pvclust(Boston_too_long_names, nboot=5, parallel=FALSE)
par(mfrow = c(1,2))
plot(boston_pv)
labels(boston_pv$hclust) <- abbreviate(labels(boston_pv$hclust), 5, strict = TRUE)
plot(boston_pv)

Answer 2

您可以使用idendr0軟件包，該軟件包可以放大/縮小繪圖。

用於安裝軟件包的用途：

install.packages（“ idendr0”）

用：

idendr0(result)

您可以在本文檔中找到更多示例： Idendr0文檔