在R中使用pvclust更改标签树状图

Question

我试图让一个群集验证具有以下pvclust 这个例子：

result <- pvclust(mydata, method.dist = "euclidean", method.hclust = "ward.D2", nboot = 1000)

这似乎工作正常。 但是，如果我用以下方法可视化结果：

plot(result)

我看不到AU / BP标签，因为它们被显示为树状图标签的列标题覆盖了。

树状图的图像

我尝试使用dendextend包来关闭标签，但是我无法使其与pvclust输出结合使用（然后不显示结果）。 有没有人有我可以使用的方法或软件包？ 也许有可能以某种方式放大并剪切图像？ 我也尝试了RStudio的放大功能，但是仍然无法正确看到AU / BP标签（请参见上面的链接）。

Answer 1

有趣的情况。 有几种处理方法。 可能最简单的方法是缩写标签（首先需要进行dendextend才能轻松更新标签），并且需要访问pvclust中的hclust对象。 这是一种方法：

library(pvclust)
library(dendextend)

### example using Boston data in package MASS
data(Boston, package = "MASS")
## multiscale bootstrap resampling (non-parallel)
Boston_too_long_names <- Boston
names(Boston_too_long_names) <- paste0(names(Boston_too_long_names), "000000000000000000000000000000000000000000000")
boston_pv <- pvclust(Boston_too_long_names, nboot=5, parallel=FALSE)
par(mfrow = c(1,2))
plot(boston_pv)
labels(boston_pv$hclust) <- abbreviate(labels(boston_pv$hclust), 5, strict = TRUE)
plot(boston_pv)

Answer 2

您可以使用idendr0软件包，该软件包可以放大/缩小绘图。

用于安装软件包的用途：

install.packages（“ idendr0”）

用：

idendr0(result)

您可以在本文档中找到更多示例： Idendr0文档