error in.rect_dendrogram(dend, k = k, palette = rect_border, rect_fill = rect_fill, : k 必須在 2 到 97 之間

Question

我正在嘗試為我用 98 個主題生成的結構主題 model 估計 R 中的聚類樹狀圖。

我首先運行了以下運行良好的：

res.hc <- eclust(scale(out_corr$cor), "hclust", nboot = 500)

然后我嘗試使用以下語法可視化樹狀圖：

fviz_dend(res.hc, rect = TRUE)

在這里，我收到以下錯誤： Error in.rect_dendrogram(dend, k = k, palette = rect_border, rect_fill = rect_fill, : k must be between 2 and 97

是因為我的model里面的話題數是98嗎？ 如果是這樣，有沒有辦法在不將我的主題減少到 97 的情況下仍然可視化樹狀圖？

謝謝！

Answer 1

以下步驟有助於解決該問題：

1. 估計聚類樹狀圖

res.hc <- eclust(scale(out_corr$cor), "hclust", nboot = 500)

2. 安裝 dendextend

install.packages("dendextend")
library(dendextend)

3. 安裝 dplyr

install.packages("dplyr")
library(dplyr)

4. 將聚類估計保存為樹狀圖

dend<-as.dendrogram(res.hc)

5. 集群級別的顏色

par(mar=c(1,1,1,7))
dend %>%
  set("labels_col", value = c("skyblue", "red", "grey", "blue"), k=4) %>%
  set("branches_k_color", value = c("skyblue", "red", "grey", "blue"), k = 4) %>%
  plot(horiz=FALSE, axes=FALSE)
abline(v = 350, lty = 2)