error in.rect_dendrogram(dend, k = k, palette = rect_border, rect_fill = rect_fill, : k 必须在 2 到 97 之间

Question

我正在尝试为我用 98 个主题生成的结构主题 model 估计 R 中的聚类树状图。

我首先运行了以下运行良好的：

res.hc <- eclust(scale(out_corr$cor), "hclust", nboot = 500)

然后我尝试使用以下语法可视化树状图：

fviz_dend(res.hc, rect = TRUE)

在这里，我收到以下错误： Error in.rect_dendrogram(dend, k = k, palette = rect_border, rect_fill = rect_fill, : k must be between 2 and 97

是因为我的model里面的话题数是98吗？ 如果是这样，有没有办法在不将我的主题减少到 97 的情况下仍然可视化树状图？

谢谢！

Answer 1

以下步骤有助于解决该问题：

1. 估计聚类树状图

res.hc <- eclust(scale(out_corr$cor), "hclust", nboot = 500)

2. 安装 dendextend

install.packages("dendextend")
library(dendextend)

3. 安装 dplyr

install.packages("dplyr")
library(dplyr)

4. 将聚类估计保存为树状图

dend<-as.dendrogram(res.hc)

5. 集群级别的颜色

par(mar=c(1,1,1,7))
dend %>%
  set("labels_col", value = c("skyblue", "red", "grey", "blue"), k=4) %>%
  set("branches_k_color", value = c("skyblue", "red", "grey", "blue"), k = 4) %>%
  plot(horiz=FALSE, axes=FALSE)
abline(v = 350, lty = 2)