如何根據預定義的順序排列heatmap.2（）中的列

Question

以下代碼

 library("gplots")
 mydata <- mtcars
 hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
 distfunc <- function(x) dist(x,method="euclidean")

 heatmap.2(as.matrix(mydata),dendrogram="row",trace="none", margin=c(8,9), hclust=hclustfunc,distfun=distfunc);

生成如下所示的熱圖：

請注意，在該圖中，該列由該函數自動排序

cyl am vs carb wt drat gear gseq mpg hp dsp

我想要做的是創建相同的熱圖，但使用我個人定義的列順序：

cn <- c("wt","qsec","vs","am","gear","carb", "mpg","cyl","disp","hp","drat" )

我怎樣才能做到這一點？

我試過像這樣使用Colv但是失敗了：

heatmap.2(as.matrix(mydata),Colv=cn,dendrogram="row",trace="none", margin=c(8,9), hclust=hclustfunc,distfun=distfunc);

Answer 1

我確實同意幫助頁面並不完全清楚，但經過一些實驗后我發現你可以使用FALSE阻止列排序並在輸入時對列進行排序。 在看到這種情況之后，幫助頁面在任何方面都沒有錯。

heatmap.2(as.matrix(mydata[,cn]), Colv=FALSE, 
          dendrogram="row",trace="none", margin=c(8,9), 
          hclust=hclustfunc,distfun=distfunc)