某些 R 包不会使用 update.packages() 进行更新

Question

选择Packages->Update packages...给出：

> update.packages(ask='graphics',checkBuilt=TRUE)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: package 'foreign' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'lattice' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'Matrix' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'mgcv' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'nlme' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'rpart' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated

我在“以管理员身份”启动菜单中运行了 R 快捷方式并得到了相同的结果。

R 版本是 3.0.2。

Answer 1

问题的一般重述

1. 在 Windows 7/8 中，包含在基本安装中的包nicePack已过时。
2. 您可以使用update.packages()或通过等效的 GUI 菜单更新它。
3. 你得到：
   Warning: package 'nicePack' in library 'C:/Program Files/R/R-3.*.*/library" will not be updated

潜在原因

R 对 Windows 不太友好，所以它只是说“不会更新”，而不是“拒绝 C:/Program Files/R/... 的权限”。 无论如何，您意识到 R 无法写入C:/Program Files ，因此以管理员身份重新启动并升级，但问题仍然存在！

如果您查看 R 能够写入的个人包目录，您会看到nicePack的更新版本在那里。 在 Windows 中，目录通常是~\\R\\win-library\\xy或使用Sys.getenv("R_LIBS_USER")找到它。

大概是第一次用R，无法写入R默认目录，使用了个人目录，所以nicePack有两个版本。 第二次，尽管有 admin 权限，R 在个人目录中找到更新的包版本并且它没有更新默认目录。

可能的是，R表示“警告”，而不是“错误”，因为该软件包安装在个人目录，而是一个过时的版本保留在默认库。

解决方案

删除个人库目录下的nicePack包目录，以管理员身份重启，再次更新。

意见

我不知道这种行为是否存在实际错误，无论如何，提供更多信息的消息肯定会帮助 Windows 用户。

也许在 Windows 中应该避免使用默认库，而应该使用个人库。 许多 Windows 应用程序使用C:\\ProgramData或~\\AppData\\Local ，无需特殊权限即可写入。

Answer 2

我在 Ubuntu 上，我在 RStudio 上遇到了同样的问题。 我试图通过sudo R和update.packages() 。 但它没有帮助。 然而sudo rstudio + update.packages()已经解决了这个问题。

Answer 3

就我而言，在 Ubuntu 的终端中使用了以下命令序列：

sudo i-
R
update.packages(ask=FALSE)
q(save="no")
logout

也就是说：以root身份登录->启动R->从root更新包->退出R->退出root。

Answer 4

在 R 4.0.4 (Gallium OS 3.1) 上

权限？ old.packages() ？

就我而言，我注意到 3 个不会更新的包的权限设置与/usr/local/lib/R/library其他包不同。

我修复了权限，但这并没有解决问题。

然后我运行old.packages()并注意到 SAME 3 个包被认为是old 。

我承认我不太明白 ?update.packages() 中的帮助，但尝试了以下方法。

update.packages(oldPkgs = old.packages())

这解决了问题并更新了 3 个软件包。

Answer 5

我在 Windows 上，但通过 SSH 隧道（AWS / Ubunutu Linux）使用 R Studio Server。 我认为有时 R Studio 会增加一层困难而不是让事情变得更容易，这发生在多个 UNIX 用户的包依赖关系中

因此，添加这种可能会影响寻找上述问题的人的可能场景 >>>

您可以在您的用户和其他版本上有一个包版本

您需要使用 root 用户通过SUDO R （与 Windows 上的 R.exe 相同） su root和 install.update()。

然后，当您访问 RStudio Server 时，您将看到系统库包已更新

总之，即使您在服务器上仅使用一个高权限 unix 用户，库也会有两个不同的位置：

ubuntu（用户）： /usr/local/lib/R/

系统范围： /usr/lib/R/library