r update.packages（）不更新由其他包导入的包

Question

我最近从3.4.3更新到R 3.5.1。 我更新了我的包，如下所示：

（a）将旧库中的包复制到我的新库中（注意不要覆盖基础包）

（b）运行update.packages(ask = FALSE, dependencies = TRUE)

我发现许多软件包没有安装在它们作为其他软件包的导入列出的地方，因为它们是“使用不同内部的r版本创建的，需要重新安装”。

有点令人沮丧的是，这条消息似乎正在迭代一些隐藏的相关或链接包列表，但只告诉我一次一个包有问题; 即我会安装具有错误版本的软件包，然后尝试重新安装它已阻止安装的软件包，只是为了不同的软件包重复出错。 我不得不经历多次，直到没有更多不正确版本的相关软件包，最后我需要使用的软件包可以安装/更新。

另外 - 我注意到一些软件包是从源代码安装的（这些软件包经常但不完全是导致上述相关软件包出现'不同内部'错误的软件包）。 我确实安装了Rtool，所以对我来说不是问题，但只是观察，因为update.packages每次遇到比Windows二进制文件更新的源版本时都会这样做（我有一台Windows 10 PC）。

我从这一切得出结论， update.packages跳过了很多软件包，实际上并没有因为某种原因更新它们？ 我仍然在寻找没有更新的软件包。

例如：

> DescTools::Gmean(x)
Error: package ‘expm’ was installed by an R version with different internals; it needs to be reinstalled for use with this R version

在这里查看DescTools的CRAN条目表明包expm不是依赖项，而是导入的。

但是?import.packages说的dependencies参数：

依赖关系：

逻辑指示是否还安装这些软件包依赖/链接到/ import / suggest的已卸载软件包（等等递归）。 如果repos = NULL，则不使用。 也可以是字符向量，c的子集（“Depends”，“Imports”，“LinkingTo”，“Suggests”，“Enhances”）。

仅当lib的长度为1（或缺失）时才受支持，因此在哪里安装依赖包是明确的。 如果不是这种情况，则会被忽略，并发出警告。

默认值NA表示c（“取决于”，“导入”，“链接到”）。 TRUE表示为pkgs和c（“取决于”，“Imports”，“LinkingTo”）使用c（“Depends”，“Imports”，“LinkingTo”，“Suggests”）来添加依赖项：这将安装所需的所有包运行pkgs，他们的例子，测试和小插曲（如果包作者正确指定了它们）。

在所有这些中，对于二进制包，省略了“LinkingTo”。

这意味着update.packages(...dependencies = TRUE)也应该更新和/或安装其他包导入的所有包。

我错过了什么？

Answer 1

更新到R 3.6.0后，我遇到了同样的问题。 在我的例子中，Carlos Santillan的解决方案略有改动解决了这个问题：

for (i in 2:length(.libPaths())) {
  lib <- .libPaths()[i]
  install.packages( 
    lib  = .libPaths()[1] ,
    pkgs = as.data.frame(installed.packages(lib), stringsAsFactors=FALSE)$Package,
    type = 'source'
  )
}

在我的设置中.libPaths（）返回以下内容：

> .libPaths()
[1] "/home/wassermann/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6" "/usr/local/lib/R/site-library"                
[3] "/usr/lib/R/site-library"                            "/usr/lib/R/library"    

.libPaths（）中的第一个目录在用户级别是可写的，其他三个目录是只读的。 代码遍历只读文件夹中的所有包，并将其较新版本安装在用户可写目录中。 它不是最优的，因为它可能会多次迭代某些包，但是你需要只运行一次，之后所有的包都会安装而不会出现“不同的内部”错误。

Answer 2

看起来依赖= TRUE不是update.packages的参数，而是将它传递给install.packages

文档

https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.5.1/topics/update.packages

说

使用update.packages使用依赖项（传递给install.packages）时要小心，因为不清楚应该在哪里安装新的依赖项。 当使用该库时，如果要更新的所有包都在单个库中，则当前实现将仅允许它。

以下脚本将重新安装所有包

lib <- .libPaths()[1]
install.packages( 
    lib  = lib ,
    pkgs = as.data.frame(installed.packages(lib), stringsAsFactors=FALSE)$Package,
    type = 'source'
)

以下将更新检查是否所有包都需要更新

lib <- .libPaths()[1]
update.packages( 
 oldPkgs = as.data.frame(installed.packages(lib), stringsAsFactors=FALSE)$Package,
  type = 'source',
  ask = FALSE
)

（上面是从https://www.r-bloggers.com/update-all-user-installed-r-packages-again/修改的）