如何在heatmap.2（）中缩短ColSideColors的高度

Question

我的以下代码：

library(gplots);
library(RColorBrewer);

dat <- read.table("http://pastebin.com/raw.php?i=wM7WxEvY",sep="\t",na.strings="NA",header=TRUE)
dat <- dat[complete.cases(dat),]
dat.log <- log2(dat);

# Clustering and distance function
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="ward")
distfunc <- function(x) dist(x,method="maximum")

# Here we cluster based on the Celltype (Column)
d <- distfunc(t(dat.log))
fit <- hclustfunc(d)
clusters <- cutree(fit, h=20)
nofclust.height <-  length(unique(as.vector(clusters)));


# Colors setting 
hmcols <- rev(redblue(256));
selcol <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Set1"))
clustcol.height = selcol(nofclust.height);


pdf(file="temp.pdf",width=30,height=40);
heatmap.2(as.matrix(dat.log),Colv=FALSE,lhei = c(0.25,4),ColSideColors=clustcol.height[clusters],density.info="none",scale="none",margin=c(10,10),col=hmcols,symkey=F,trace="none",dendrogram="none",keysize=1,hclust=hclustfunc,distfun=distfunc);
dev.off();

生成此图：

请注意， ColSideColors太高。 如何缩短呢？

Answer 1

?heatmap.2 ：用于布局RowSideColor和ColSideColor “。可以通过用于lmat，lwid和lhei specifiying适当的值被重写lmat控制每个元件的相对位置，而lwid控制列宽度和lhei控制行高度请参阅帮助页面以获取有关如何使用这些参数的详细信息的布局 。”

在您的情况下，您必须更改lhei，尝试lhei=c(1,15)