如何在heatmap.2（）中縮短ColSideColors的高度

Question

我的以下代碼：

library(gplots);
library(RColorBrewer);

dat <- read.table("http://pastebin.com/raw.php?i=wM7WxEvY",sep="\t",na.strings="NA",header=TRUE)
dat <- dat[complete.cases(dat),]
dat.log <- log2(dat);

# Clustering and distance function
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="ward")
distfunc <- function(x) dist(x,method="maximum")

# Here we cluster based on the Celltype (Column)
d <- distfunc(t(dat.log))
fit <- hclustfunc(d)
clusters <- cutree(fit, h=20)
nofclust.height <-  length(unique(as.vector(clusters)));


# Colors setting 
hmcols <- rev(redblue(256));
selcol <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Set1"))
clustcol.height = selcol(nofclust.height);


pdf(file="temp.pdf",width=30,height=40);
heatmap.2(as.matrix(dat.log),Colv=FALSE,lhei = c(0.25,4),ColSideColors=clustcol.height[clusters],density.info="none",scale="none",margin=c(10,10),col=hmcols,symkey=F,trace="none",dendrogram="none",keysize=1,hclust=hclustfunc,distfun=distfunc);
dev.off();

生成此圖：

請注意， ColSideColors太高。 如何縮短呢？

Answer 1

?heatmap.2 ：用於布局RowSideColor和ColSideColor “。可以通過用於lmat，lwid和lhei specifiying適當的值被重寫lmat控制每個元件的相對位置，而lwid控制列寬度和lhei控制行高度請參閱幫助頁面以獲取有關如何使用這些參數的詳細信息的布局 。”

在您的情況下，您必須更改lhei，嘗試lhei=c(1,15)