从Java调用R-不同的R版本

Question

在我工作的计算机（运行fedora）上，默认安装R-2.15。 我下载了R-3.0.2，因为我需要几个仅适用于R 3的软件包。

当我尝试使用Runtime.getRuntime().exec(command);从Java调用Rscript时Runtime.getRuntime().exec(command); 命令为字符串数组{"/path/to/Rscript/3-0" "name/of/script" "...args..."}我收到错误WARNING: ignoring environment value of R_HOME它说无法加载所需的软件包。 当我在终端中运行相同的命令时，它运行良好。

通过java进行的调用与在控制台上进行的调用有什么区别。 我该如何解决？

编辑1：当我运行本地安装的R-3版本时， libPaths返回

> .libPaths()
[1] "/home/<homedir>/.bin/R-3.0.2/library"

但是当我从Java调用Rscript时， libPaths返回

[1] "/home/<homedir>/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.15"
[2] "/usr/lib64/R/library"                                          
[3] "/usr/share/R/library"                                          
[4] "/home/<homedir>/.bin/R-3.0.2/library" 

问题似乎是Java添加了任何环境变量，这些环境变量告诉R从2.15安装中加载软件包。 我该如何预防呢？

编辑2：当我使用System.getenv();列出所有环境变量时System.getenv(); 方法没有显示任何与R相关的信息，与在终端中使用printenv列出环境变量时的情况相同。 但是，当我在R中调用Sys.getenv时，将定义变量R_HOME，R_LIBS，...。 这些是如何定义的？

Answer 1

您可以选择加载程序包时要查找的库。 例如，通过Rscript调用脚本时，可以使用

library(rJava, lib.loc = .libPaths()[4])