從Java調用R-不同的R版本

Question

在我工作的計算機（運行fedora）上，默認安裝R-2.15。 我下載了R-3.0.2，因為我需要幾個僅適用於R 3的軟件包。

當我嘗試使用Runtime.getRuntime().exec(command);從Java調用Rscript時Runtime.getRuntime().exec(command); 命令為字符串數組{"/path/to/Rscript/3-0" "name/of/script" "...args..."}我收到錯誤WARNING: ignoring environment value of R_HOME它說無法加載所需的軟件包。 當我在終端中運行相同的命令時，它運行良好。

通過java進行的調用與在控制台上進行的調用有什么區別。 我該如何解決？

編輯1：當我運行本地安裝的R-3版本時， libPaths返回

> .libPaths()
[1] "/home/<homedir>/.bin/R-3.0.2/library"

但是當我從Java調用Rscript時， libPaths返回

[1] "/home/<homedir>/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.15"
[2] "/usr/lib64/R/library"                                          
[3] "/usr/share/R/library"                                          
[4] "/home/<homedir>/.bin/R-3.0.2/library" 

問題似乎是Java添加了任何環境變量，這些環境變量告訴R從2.15安裝中加載軟件包。 我該如何預防呢？

編輯2：當我使用System.getenv();列出所有環境變量時System.getenv(); 方法沒有顯示任何與R相關的信息，與在終端中使用printenv列出環境變量時的情況相同。 但是，當我在R中調用Sys.getenv時，將定義變量R_HOME，R_LIBS，...。 這些是如何定義的？

Answer 1

您可以選擇加載程序包時要查找的庫。 例如，通過Rscript調用腳本時，可以使用

library(rJava, lib.loc = .libPaths()[4])