如何在nnet包中的multinom（）中设置特定的对比？

Question

我有一个需要分类的3级问题。 我想在nnet包中使用多项逻辑回归。 类结果有3个因子，P，Q，R。我想把Q作为基本因子。

所以我试着写下这样的对比：

P <- c(1,0,0)
R <- c(0,0,1)
contrasts(trainingLR$Class) <- cbind(P,R)

检查了它：

> contrasts(trainingLR$Class)
  P R
P 1 0
Q 0 0
R 0 1 

现在multinom() ：

library(nnet)
multinom(Class ~., data=trainingLR)

输出：

> multinom(Class ~., data=trainingLR)
# weights:  39 (24 variable)
initial  value 180.172415 
iter  10 value 34.990665
iter  20 value 11.765136
iter  30 value 0.162491
iter  40 value 0.000192
iter  40 value 0.000096
iter  40 value 0.000096
final  value 0.000096 
converged
Call:
multinom(formula = Class ~ ., data = trainingLR)

Coefficients:
  (Intercept)        IL8     IL17A      IL23A     IL23R
Q   -116.2881 -16.562423 -34.80174   3.370051  6.422109
R    203.2414   6.918666 -34.40271 -10.233787 31.446915
       EBI3     IL6ST     IL12A   IL12RB2     IL12B
Q -8.316808  12.75168 -7.880954  5.686425 -9.665776
R  5.135609 -20.48971 -2.093231 37.423452 14.669226
    IL12RB1    IL27RA
Q -6.921755 -1.307048
R 15.552842 -7.063026

Residual Deviance: 0.0001922658 
AIC: 48.00019 

题：
如你所见，由于P类没有出现在输出中，这意味着它在处理R中的因子变量时按字母顺序被视为基数是第一个，并且Q类不被视为基础级别在这种情况下，如何使其基于其他两个级别？

Answer 1

我试图避免使用对比，我发现了relevel功能选择所需的水平基线。 以下代码

trainingLR$Class <- relevel(trainingLR$Class, ref = "P")

应将“P”级别设为您的基线。 因此，尝试“Q”或“R”级别相同的事情。

R文档（ ?relevel ）提到“这对于以第一级作为参考的contr.treatment对比有用”。

虽然现在回答可能为时已晚，但由于其他人可能会感兴趣，我认为值得分享上述选项。