[英]How to use MFDataset to read multiple files in OPeNDAP dataset with Python NetCDF4 module?
我有一个opendap thredds链接,该链接指向一个目录,其中包含特拉华州运营预报系统(DBOFS)的许多海洋学模型输出文件。 历史数据存储在单独的小时文件中,甚至存储在多个小时的文件中。 我想看一下这些文件,就好像它们是一个长时间序列一样。 我遇到另一个问题,在这里问类似的问题: 循环netcdf文件并运行计算-Python或R
使用通配符搜索将返回以下错误:
import netCDF4
f = netCDF4.MFDataset('http://opendap.co-ops.nos.noaa.gov/thredds/dodsC/NOAA/DBOFS/MODELS/201401/nos.dbofs.fields.n001.20140130.*.nc')
---------------------------------------------------------------------------
ValueError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-a44e21cddbe9> in <module>()
----> 1 f = netCDF4.MFDataset('http://opendap.co-ops.nos.noaa.gov/thredds/dodsC/NOAA/DBOFS/MODELS/201401/nos.dbofs.fields.n001.20140130.*.nc')
C:\Users\cenglert\AppData\Local\Enthought\Canopy32\User\lib\site-packages\netCDF4.pyd in netCDF4.MFDataset.__init__ (netCDF4.c:6458)()
ValueError: cannot using file globbing for remote (OPeNDAP) datasets
就像错误所说的那样,您不能在远程数据集上使用通配符(在通配符上使用*
),但是您可以构建数据集URL的python列表并将其传递给MFDataset
。 像这样:
import netCDF4
base = 'http://opendap.co-ops.nos.noaa.gov/thredds/dodsC/\
NOAA/DBOFS/MODELS/201401/nos.dbofs.fields.n001.20140130.t%2.2dz.nc'
files = [base % d for d in range(0,24,6)]
nc = netCDF4.MFDataset(files)
print nc.variables['salt']
产生:
<class 'netCDF4._Variable'>
float64 salt('ocean_time', 's_rho', 'eta_rho', 'xi_rho')
long_name: salinity
time: ocean_time
coordinates: lat_rho lon_rho
field: salinity, scalar, series
unlimited dimensions = ('ocean_time',)
current size = (4, 10, 732, 119)
并表明实际上MFDataset实际上已汇总了MFDataset
和18小时的四个值。
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