R {ape} clustal无法找到clustalw2

Question

我是R语言的初学者。

我想在猿猴中使用R clustal函数来处理我的DNA序列，因此我们可以{pegas}进行进一步的分析。

但是，当我第一次尝试使用手册中提供的示例时：

clustal(woodmouse, pw.gapopen = 1, pw.gapext = 1, exec = "clustalw2")

但是我收到一条错误消息：

/bin/sh: clustalw2: command not found
Error in file(file, "r") : cannot open the connection. In addition: Warning massage: In file(file, "r") : cannot open file '/var/folders/vm/fzyykk3x21g55fdvpctj7s900000gn/T//Rtmp0RjsMr/input_clustal.aln' ：No such file or directory

我想知道如何解决这个问题？ 顺便说一下，我使用的操作系统是Mac OS 10.9。 谢谢。

Answer 1

确保已安装clustalw2。 从这里下载* .msi：

http://www.clustal.org/download/current/

然后跑

需要（猿）修复（集群）

确保以下部分具有clustal功能：

shortPathName（“ C：/程序文件/ClustalW2/clustalw2.exe”）

...完美匹配clustalw2.exe在您系统中的位置。 同时用“ \\”替换所有的“ /”。

希望有效-为我工作...