R {ape} clustal無法找到clustalw2

Question

我是R語言的初學者。

我想在猿猴中使用R clustal函數來處理我的DNA序列，因此我們可以{pegas}進行進一步的分析。

但是，當我第一次嘗試使用手冊中提供的示例時：

clustal(woodmouse, pw.gapopen = 1, pw.gapext = 1, exec = "clustalw2")

但是我收到一條錯誤消息：

/bin/sh: clustalw2: command not found
Error in file(file, "r") : cannot open the connection. In addition: Warning massage: In file(file, "r") : cannot open file '/var/folders/vm/fzyykk3x21g55fdvpctj7s900000gn/T//Rtmp0RjsMr/input_clustal.aln' ：No such file or directory

我想知道如何解決這個問題？ 順便說一下，我使用的操作系統是Mac OS 10.9。 謝謝。

Answer 1

確保已安裝clustalw2。 從這里下載* .msi：

http://www.clustal.org/download/current/

然后跑

需要（猿）修復（集群）

確保以下部分具有clustal功能：

shortPathName（“ C：/程序文件/ClustalW2/clustalw2.exe”）

...完美匹配clustalw2.exe在您系統中的位置。 同時用“ \\”替換所有的“ /”。

希望有效-為我工作...