R封裝猿：提取密碼子中的前兩個核苷酸

Question

我有一個包含DNA序列的fasta文件。 我想刪除每個密碼子的第三個核苷酸。 我以為我可以在子設置步驟中選擇前2個核苷酸。

我使用ape和seqinr包在R中工作

>read.dna("test3", format="fasta")-> test3
>test3
1 DNA sequences in binary format stored in a matrix.

All sequences of same length: 888 

Labels: XX_00004 

Base composition:
    a     c     g     t 
0.223 0.222 0.293 0.262

使用功能seq我可以在每個密碼子中單獨選擇第一個，第二個和第三個核苷酸，但是我不能選擇第一個和第二個。

>test3[seq(1, length(test3), by = 3)]
1 DNA sequence in binary format stored in a vector.

Sequence length: 296 

Base composition:
    a     c     g     t 
0.256 0.249 0.374 0.121
>test3[seq(1:2, length(test3), by = 3)]
Error in seq.default(1:2, length(test3), by = 3) : 
  'from' must be of length 1

> test3[seq(from=1, to=2, length(test3), by = 3)]
Error in seq.default(from = 1, to = 2, length(test3), by = 3) : 
  too many arguments

任何建議如何做到這一點？

Answer 1

您可以通過排除第三個來選擇第一個和第二個：

test3[-seq(3, length(test3), by = 3)]