猿包-打印生成的樹

Question

我正在R中使用ape包來生成系統樹。 我想以png格式打印生成的樹，以便將圖像傳輸到網站。 我似乎找不到用於打印生成的樹的命令（如果可能的話）。 一些建議/見解將不勝感激。

Answer 1

聽起來您正在尋找樹木（“ phylo”類的對象）的繪圖方法 ，例如：

library(ape)
tt <- rcoal(10)
png("phylo1.png")
plot(tt)
dev.off()

?plot.phylo提供有關自定義繪圖的許多選項的信息。

有更多的繪圖選項，例如，從系統圖包的小插圖開始 ：

可以使用stats繪圖功能plot.dendrogram從樹狀圖對象生成發布質量樹，並使用樹狀圖增強軟件包（例如circlize（Z.Gu等人2014）和dendextend（Galili 2015））從樹狀圖對象生成大量的繪圖功能。 后者還提供了將樹狀圖轉換為“ ggdend”對象的工具，為此，ggplot2（Wickham 2009）和ggdendro（DeVries and Ripley 2016）軟件包中提供了許多強大的“圖形語法”繪圖功能。 此外，猿包中的“ phylo”對象有幾種高級繪圖選項（E. Paradis，Claude和Strimmer 2004），可通過Newick導入/導出函數read.dendrogram和write.dendrogram訪問樹狀圖對象。 ..