'ape'系統發育gls-警告消息，數據與樹的順序不同

Question

您好-我正在對蜥蜴數據進行系統發育分析。 我已將系統發育樹導入R中的“猿”包中。對於兩個物種，我缺少數據，因此我使用drop.tip函數通過以下操作將樹數據與物種特征數據進行匹配：

tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Green”)
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Brown”)

但是，當我隨后嘗試運行系統發育gls時，會收到警告/錯誤消息。 這是代碼和發生的事情：

tree <- tree.anole
bm.anole <- corBrownian(phy=tree)
XY <- data.frame(Y,  X)
Z <- gls(Y ~ X, correlation=corBrownian(phy=tree), data = XY

Warning message:
In Initialize.corPhyl(X[[1L]], …) :
   Rownames in data frame do not match tree tip names; data taken to be in the same order as in tree

我猜想gls函數沒有考慮到前面提到的drop.tip命令。 有沒有一種方法可以對此進行編碼，以使gls將數據幀與樹匹配，同時考慮缺少數據的兩個種類？ 提前致謝。

Answer 1

閱讀錯誤消息：它說您數據框的行名與樹的提示名不匹配。 這是因為您的數據框沒有行名。 您可以使用row.names(XY) <-設置行名稱row.names(XY) <-並提供名稱的向量。