在 R 中，如何為系統發育樹中的標簽着色？ （使用來自猿的 BioNj）

Question

所以我有一個如下所示的數據集：

Pos sample_1 sample_2 celltypeX_sample3 celltypeY_sample4 celltypeX_sample5
0     0        0              3                  0             1
2     2        1              3                  0             0
5     0        0              0                  0             1
6     1        0              0                  1             0
12    0        1              0                  1             1

從這個數據集中，我可以計算 R 中的相關矩陣和熱圖：

data = read.table(file = "fileNameX", row.names = 1, header = T, sep = "\t")
correlationData = cor(data)
heatmap(correlationData, cexRow = 0.25, cexCol = 0.25, symm = T)

在此之后，我想使用猿庫的 bionj function 制作系統發育樹

arbol <- bionj(correlationData)

plot(arbol1, cex = 0.25, edge.width = 0.5)

這是我卡住的地方，所以我讀到可以通過添加一行來更改標簽的顏色，該行指示它應該在哪個顏色組中。所以我添加了創建新數據集的這一列：

Pos sample_1 sample_2 celltypeX_sample3 celltypeY_sample4 celltypeX_sample5
0     0        0              3                  0             1
2     2        1              3                  0             0
...
7026  0        1              0                  1             1
clr   0        0              1                  2             1

有什么辦法可以用這種方式給標簽上色嗎？ 因此，名稱中沒有單元類型的所有內容（因此命名為 sample_x）都應該具有相同的顏色，並且所有單元類型都應該具有相同的顏色（因此命名為 celltypeX_sampleY）

我希望我的問題很清楚，甚至有可能做到這一點......

數據集的鏈接

Answer 1

您可以在 plot.phylo function 中指定它。 bionj 返回一個“phylo”class，當您調用 plot(arbol1, cex = 0.25, edge.width = 0.5) 時，您實際上是在使用 plot.phylo。 您可以輸入?plot.phylo 來查看選項。

我沒有你的數據，但下面我使用示例數據集添加顏色 label.. 希望這是你想要的

library(ape)
data(woodmouse)
trw <- bionj(dist.dna(woodmouse))
# we label samples that have No120 as blue
# others orange
COLS = ifelse(grepl("No120",trw$tip.label),"blue","orange")
plot(trw,tip.color=COLS)

要為不同的標簽添加顏色，您可以嘗試以下操作：

# from https://www.r-bloggers.com/the-paul-tol-21-color-salute/
tol18rainbow=c("#771155", "#AA4488", "#CC99BB", "#114477", "#4477AA", "#77AADD", "#117777", "#44AAAA", "#77CCCC", "#777711", "#AAAA44", "#DDDD77", "#774411", "#AA7744", "#DDAA77", "#771122", "#AA4455", "#DD7788")
# I assume here, the word before the "_" tells us how to colour the label
TYPE = gsub("_[^ ]*","",arbol$tip.label)
# check the TYPE numbers are correct
col_assignment = tol18rainbow[1:length(unique(TYPE))]
names( col_assignment) = unique(TYPE)
COLS = col_assignment[TYPE]
# then pass COLS into your plot