無法使用顏色將系統發育樹保存為pdf

Question

我每次嘗試執行pdf（）函數並嘗試打開它時，都使用離散數據用彩色分支保存我的進化樹，然后出現pdf錯誤。 這是我正在使用的代碼

tree = read.nexus("phylo.1966")
tree3<-read.csv("BBS1966.2015.pgls.csv",row.names = 1)
tree3<-setNames(tree3[,1],rownames(Nesting))
cols<-setNames(palette()[1:6],levels(Nesting))
Nesttree<-make.simmap(drop.tip(tree2, setdiff(tree2$tip.label,names(Nesting))),Nesting, model = "SYM"
plotTree(Nesttree,cols,type="fan",fsize=0.8,lwd=3,ftype="i")
add.simmap.ledgend(colors=cols,x=0.9*par()$usr[1],y=0.9*par()$usr[4],prompt=FALSE,fsize=0.9)
pdf("Nesting1.pdf", width = 100, height = 100)
dev.off()

但是，如果我將pdf函數放置在plotTree函數之前，它將打開但沒有顏色添加到樹中。 tree2來自先前使用的代碼，該代碼只接受了我原來的樹，並添加了亞種以創建一棵新樹。

另外，如果我嘗試將圖手動保存為jpeg，則樹的大小將保持不變，但圖區域將更改為我選擇的大小，因此它看起來很小且非常擁擠。

感謝您的任何幫助。 這是我使用更正的代碼后生成的圖像

Answer 1

正如我評論的那樣，如果圖像擁擠，您可以手動調整圖像的寬度和高度。 您可以使用任何設備代替jpeg （例如PDF）來獲取pdf，但是您無需設置高度或寬度。

jpeg("filename.jpeg", height = 1080, width =1080)
plotTree(Nesttree,cols,type="fan",fsize=0.8,lwd=3,ftype="i")
add.simmap.legend(colors=cols,x=0.9*par()$usr[1],y=0.9*par()$usr[4],prompt=FALSE,fsize=0.9)
dev.off()