系統發育樹中的簇

Question

我有一棵系統發育樹，其中顯示了基因以及它們如何聚集在一起。 使用歐幾里德距離矩陣和猿猴籠進行繪制。 有關更多詳細信息，請參見前面的鏈接。

系統發育樹

這是我的數據（gg.txt），已轉換為基因矩陣。

ID  gene1   gene2

1   ADRA1D  ADK
2   ADRA1B  ADK
3   ADRA1A  ADK
4   ADRB1   ASIC1
5   ADRB1   ADK
6   ADRB2   ASIC1
7   ADRB2   ADK
8   AGTR1   ACHE
9   AGTR1   ADK
10  ALOX5   ADRB1
11  ALOX5   ADRB2
12  ALPPL2  ADRB1
13  ALPPL2  ADRB2
14  AMY2A   AGTR1
15  AR  ADORA1
16  AR  ADRA1D
17  AR  ADRA1B
18  AR  ADRA1A
19  AR  ADRA2A
20  AR  ADRA2B

生成樹的最終代碼是：

library(ape) 
tab=read.table("gg.txt",header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
gene.names <- sort(unique(c(tab[,"gene1"],tab[,"gene2"])))
gene.matrix <- cbind(matrix(0L,nrow=length(gene.names),ncol=length(gene.names)))
colnames(gene.matrix) <- c(gene.names)
rownames(gene.matrix)<- c(gene.names)
gene.matrix[as.matrix(tab[-1])] <- 1

##calculating distances

d <- dist(gene.matrix,method="euclidean")
fit <- hclust(d, method="ward")
plot(as.phylo(fit)) 

我們可以看到形成了4個大集群。ALOX5，AR和ALPPL2組成一個集群。ADRA1A，ADRA1B，ADRA1D，AGTR1組成另一個集群。類似地，還有2個集群。 有什么辦法可以將此信息放在表格中，例如以下示例？ 有沒有可用的軟件來做到這一點？

GENE   CLUSTER

ALOX5    1
AR       1
ALPPL2   1
ADRA1A   2
ADRA1B   2
ADRA1D   2
AGTR1    2
..
..
..

我只顯示了20行，但我卻顯示了21k行，所以這才是主要問題。

Answer 1

按照@JTT cutree效果很好！這就是我想要的。

cut =cutree(fit,k=5)

cut

ACHE    ADK ADORA1 ADRA1A ADRA1B ADRA1D ADRA2A ADRA2B  ADRB1  ADRB2  AGTR1  ALOX5 ALPPL2  AMY2A     AR  ASIC1 
 1      1      1      2      2      2      1      1      3      3      2      4      4      1      5      1