在 R（ape 庫）中根植基於簡約的樹時出錯

Question

我正在使用最大簡約算法（ape 庫中的 pratchet()）在 R 中執行引導程序分析。 當我對無根樹（使用 pratchet() 函數生成）運行分析時，引導運行正常。 但是，當我想在找到引導程序支持之前對每個引導樹進行 root 時，我在 100 棵樹中的任何一棵樹上隨機生根時都會出錯。 請注意，這是在調用任何用於計算雙分區或進化枝支持的代碼之前發生的。

如果我使用鄰居加入算法（ape 中的 nj()），則在生根或下游引導中都沒有問題，但顯然它在使用外群生根基於簡約的樹時（隨機）發生。 我觀察到的奇怪的事情是，如果我在生根之前將無根樹寫入文件（以防在生根時發生錯誤），然后想要將它們生根，它就可以正常工作。

這是代碼，我用於分析。

performBootstraping = function(charMatrix, bsIterations) {
    # charMatrix is a DNA alignment matrix
    # bsIteration are number of bootstrap iterations.

    library(phangorn)

    phySeq = phyDat(charMatrix)

    treeMPRooted = getRootedParsimonyTree(charMatrix)

    bValuesMP = boot.phylo(treeMPRooted, charMatrix, FUN=function(xx) {tt = getRootedParsimonyTree(xx); return(tt) }, 
    B = bsIterations, trees=T, rooted=T)

   # convert to percentage
   bValues = bValuesMP$BP/bsIterations * 100;

   plot(treeMPRooted, use.edge.length = F); 
   title('Max Parsimony tree with bootstrap percentage')
    nodelabels(bValues, frame = 'rect')

    # write the tree as newick 
    write.tree(treeMPRooted, paste0(outDir,'/rooted_MP.tree'))
    return(bValuesMP)
}

getRootedParsimonyTree = function(cMatrix) {
    phySeq = phyDat(cMatrix);
    treeMP = pratchet(phySeq)
    treeMPRooted = root(treeMP, outgroup='Germline', resolve.root=T)

    return(treeMPRooted)
}

這是堆棧跟蹤和錯誤

 Error in phy$edge[sndcol, 2] <- newNb[phy$edge[sndcol, 2]] <- n + 2:phy$Nnode : 
  number of items to replace is not a multiple of replacement length 
6 root(treeMP, outgroup = "Germline", resolve.root = T) at libaryFunctions.R#105
5 getRootedParsimonyTree(xx) at libaryFunctions.R#32
4 FUN(x[, boot.samp]) 
3 boot.phylo(treeMPRooted, t.vaf, FUN = function(xx) {
    tt = getRootedParsimonyTree(xx)
    return(tt)
}, B = bstrapCount, trees = T, rooted = T) at libaryFunctions.R#32
2 performBootstraping(vaf, outDir, i, bsIterations) at runAllSitesBootstrapForAllPatients.R#15
1 runAllSitesBootstrapForAllPatients(ccfFileDir = ccfDir, outDirPref = outDir) 
In addition: Warning message:
In newNb[phy$edge[sndcol, 2]] <- n + 2:phy$Nnode :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

Answer 1

我對“根”函數感到沮喪，因此編輯了 ape 源代碼以創建一個函數，該函數可以根植樹而不會引發錯誤。 它作為函數RootTree()包含在包“TreeTools”中，它還實現了一些其他用於設置根的選項。

使用以下命令將其安裝到 R：

install.packages('TreeTools')
RootTree(tree, outgroup)

恐怕它不支持邊長。

Answer 2

看看 phangorn 中函數 bootstrap.phyDat 和 plotBS 的例子，應該可以簡化你的函數。 此外，您不需要根植單個引導樹，只需根植您要繪制的樹即可。 這應該可以解決您的問題。

問候克勞斯