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Ape:: 共識樹和邊長丟失，有解決辦法嗎？

[英]Ape:: consensus tree and edge length lost , are there solutions for this?

原文 2020-06-12 01:55:36 6 1 r/ tree/ phylogeny/ consensus/ ape

我是亞伯拉罕。 請：有人可以幫助我解決猿的問題：？ 共識和分支長度丟失。 我也有這個問題。 問候

1 個解決方案

共識樹描述了大多數樹中共享的分割/邊緣。 沒有明顯的方法可以為這樣的樹分配邊長，但 Liam Revell 在這篇博客文章中描述了幾種方法可以做到這一點。

猿包-打印生成的樹

[英]ape package - print generated tree

系統發育樹猿太小

[英]Phylogenetic tree ape too small

樹形圖邊緣（分支）顏色匹配尖端（葉子）顏色（猿包裝）

[英]Dendrogram edge (branch) colors to match tip (leaf) colors (ape package)

'ape'系統發育gls-警告消息，數據與樹的順序不同

[英]'ape' phylogenetic gls - warning message, data not in same order as tree

在 R（ape 庫）中根植基於簡約的樹時出錯

[英]Error while rooting a parsimony-based tree in R (ape library)

R編程-使用{ape}改進最小生成樹圖

[英]R programming - improving a minimal spanning tree plot using {ape}

來自多個群集對象的共識樹或“引導比例”

[英]Consensus tree or “bootstrap proportions” from multiple hclust objects

（慢邊着色）如何避免循環所有tip.labels（包猿）

[英](slow edge coloring) how to avoid looping all tip.labels (package ape)

R：ape / phylobase：無法將超參數二進制樹轉換為hclust對象（警告消息）

[英]R: ape/phylobase: unable to convert ultrametric, binary tree to hclust object (warning message)

在 R 中，如何為系統發育樹中的標簽着色？（使用來自猿的 BioNj）

[英]in R how can I color the labels from my phylogenetic tree? (using BioNj from ape)

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