猿包-打印生成的树

Question

我正在R中使用ape包来生成系统树。 我想以png格式打印生成的树，以便将图像传输到网站。 我似乎找不到用于打印生成的树的命令（如果可能的话）。 一些建议/见解将不胜感激。

Answer 1

听起来您正在寻找树木（“ phylo”类的对象）的绘图方法 ，例如：

library(ape)
tt <- rcoal(10)
png("phylo1.png")
plot(tt)
dev.off()

?plot.phylo提供有关自定义绘图的许多选项的信息。

有更多的绘图选项，例如，从系统图包的小插图开始 ：

可以使用stats绘图功能plot.dendrogram从树状图对象生成发布质量树，并使用树状图增强软件包（例如circlize（Z.Gu等人2014）和dendextend（Galili 2015））从树状图对象生成大量的绘图功能。 后者还提供了将树状图转换为“ ggdend”对象的工具，为此，ggplot2（Wickham 2009）和ggdendro（DeVries and Ripley 2016）软件包中提供了许多强大的“图形语法”绘图功能。 此外，猿包中的“ phylo”对象有几种高级绘图选项（E. Paradis，Claude和Strimmer 2004），可通过Newick导入/导出函数read.dendrogram和write.dendrogram访问树状图对象。 ..