R ape包中的subtrees（）-如何在子樹中標記內部節點？

Question

我正在使用R中的ape包。我想要一個phylogenetic樹中每個可能的subtree的列表。 然后，我想遍歷子樹列表並獲取每個子樹的根。 我的問題是，為每個子樹列出的第一個內部節點是否是該子樹的根？

一個例子也許可以更好地說明我的問題。 我用12個技巧創建了一個隨機樹，然后提取子樹。 我已經復制了子樹1的輸出。R然后列出了一些東西，包括Node labels: 13, 14, ...每個子樹Node labels: 13, 14, ... 節點標簽中列出的第一個節點（在本例中為節點13）是否始終是子樹的根？

phy = rtree(12)

st = subtrees(phy)

>st[[1]]

> st

[[1]]

Phylogenetic tree with 12 tips and 11 internal nodes.

Tip labels:
    t12, t2, t10, t1, t9, t4, ...

Node labels:
    13, 14, 15, 16, 17, 18, ...

Rooted; includes branch lengths.

Answer 1

似乎是這樣。 為了進行驗證，您可以通過將樹轉換為data.tree結構來使其可視化：

library(data.tree)
tr <- as.Node(phy)
print(tr)

這將顯示為：

                        levelName
1  13                            
2   ¦--t7                        
3   °--14                        
4       ¦--15                    
5       ¦   ¦--t5                
6       ¦   °--t6                
7       °--16                    
8           ¦--17                
9           ¦   ¦--18            
10          ¦   ¦   ¦--19        
11          ¦   ¦   ¦   ¦--20    
12          ¦   ¦   ¦   ¦   ¦--t2
13          ¦   ¦   ¦   ¦   °--t9
14          ¦   ¦   ¦   °--t12   
15          ¦   ¦   °--t4        
16          ¦   °--21            
17          ¦       ¦--22        
18          ¦       ¦   ¦--t3    
19          ¦       ¦   °--t1    
20          ¦       °--23        
21          ¦           ¦--t10   
22          ¦           °--t11   
23          °--t8