如何在猿包中的系統發育樹中包含引導程序值

Question

我正在使用R包ape分析DNAbin對象中存儲的一些序列：

library(ape)
my.seq  <- read.dna("sequences.txt", format = "clustal")
my.dist <- dist.dna(my.seq)
my.tree <- nj(my.dist)

我想找到引導程序值，所以我使用boot.phylo：

boot <- boot.phylo(my.tree, my.seq, FUN = function(xx) nj(dist.dna(xx)), B = 100)

但是我收到一條錯誤消息：

Error in if (drop[j]) next : missing value where TRUE/FALSE needed

知道這意味着什么，以及如何解決？ 我嘗試使用Google搜索錯誤消息，但找不到任何東西。

Answer 1

您的if條件導致NA 。

它必須具有TRUE或FALSE結果。